至此，明朝中央便形成了三大政治体系——以内阁为首的行政体系、以军府为首的国防体系，以及由法院、检察院、司法部组成的司法体系。
内阁统筹全局，既可以通过国防部介入国防体系的管理，也可以通过司法部插手司法体系的事务。
而议会作为立法机构，同时还有监察、弹劾及建议之权。
此外，司法体系中，法院的首席大法官、检察院的首席大检察官，都是由议会选举产生的，内阁并不介入。
如此，明朝中央便做到了西方政治学中所说的立法、行政、司法三权分立。
而在中央行政、司法机构和制度改革的同时，地方上也在不断进行相应的调整。
首先，是确立省、府（州）、县三级地方行政区划。
随着卫所被取消、旧军被裁汰，而新军又直接归军府管理，各地的都指挥使司都要进行改革。
而随着“三法司”被改成了司法部、检察院、法院，并在全国各级行政单位派驻和设立相应等级的分支机构，各地的提刑按察使司也要进行改革。
都指挥使司、提刑按察使司改革之后，洪武年间废除中书省后确立的“三司制”中，只剩下了承宣布政使司。
但承宣布政使司的职能，也早就被巡抚、总督侵蚀了。
而没有了卫所和都指挥使司，黑水、漠北、南洋这三大都司的行政区划，也需要重新调整。
因此，张居正将最高一级行政区划正式定为“省”。
将各省的卫指挥使司、千户所和百户所全部取消，改成府、州、县。
除西藏外，原本黑水都司、四川行都司等东北、西南地区的羁糜所，在卫所制取消以后，全部改土归流，不再由世袭武职土官统治。
除南洋都指挥使司外，其余两京、二十三省、两都司，以及西藏都统使司，全都改为“省”。
同时，将除顺天府以外的北直隶改为河北省，以天津府为首府，将应天府以外的南直隶拆成淮东省、淮西省，分别以扬州府、凤阳府为首府。
此外，东北地区，尤其是关东省，经过200多年的开发，此时已经十分繁荣了，不适合只设一省。
因此，将关东省拆分，东部沿海地区设白山省，以永明府（海参崴）为首府，北部与原黑水都司组成黑水省，以黑水府（瑷珲）为首府，南部与漠南省的一部分组成辽宁省，以沈阳府为首府。
如此，大明本土便形成了“两京三十省”的地方一级行政区划。
各新设之省的首府，也要尽快连通电报、修建铁路。
至于南洋都指挥使司，则改为南洋都护府，继续统管海外华人土司，守卫马六甲海峡。
其次，是设立各级地方议会，改革地方行政和司法机构。
在万历五年（1853年），国家议会举行过第二次全国选举之后，明朝的议会制度便已经成熟，可以推广到各个地方了。
在确定了“两京三十省”的行政区划之后，便可以在各省、府（州）、县设立三级地方议会了。
从万历六年到万历八年，三年间，大明各地的各级地方议会都纷纷设立起来。
西藏省虽然大部分地区依旧在“噶厦”的统治之下，没有改革，但还有一些明朝曾经设置卫所、迁移军户的地方，此时也已经改成了府县，参与进了改革中。
这些府县，便可以设立议会、选举议员，并在西藏省设立省级议会、选出省级议会的议员。
随着中央六部、五寺、都察院等行政和司法机构的改革，加上“三司制”的崩溃，地方上的行政和司法机构，也需要紧跟着进行改革。
在国防体系中，只有国防部是与地方有牵连的机构。需要管理各地原先的旧军，将他们遣散，或与司法部对接，将他们改编为地方警署的警察或武装警察，还需要对符合征兵条件的青壮进行征召、训练、选拔。
因此，只需要让国防部将各省原本的都指挥使司改造为国防分部，并往各府、州、县派驻国防支部即可。
其余军府下辖的陆军部、海军部等，与地方上没什么牵连，也就没必要设立分支机构。就算因为军事行动，需要与地方上沟通，也可以通过国防部的分支机构。
与国防体系中的国防部类似，司法体系中的司法部，也可以将各省原本的提刑按察使司改造为司法分部，并往各府、州、县派驻司法支部。
在司法体系中，还有法院与检察院。
中央的法院、检察院，分别称为最高法院、最高检察院，负责人分别是首席大法官、首席大检察官，全部由国家议会选举产生。
而在地方上，法院和检察院都分高、中、初级，负责人也分别是高、中、初级大法官或大检察官。
各级地方法院的高、中、初级大法官，分别由省（直隶府）级议会、府（州）级议会、县级议会选举产生。
但是，各级地方检察院的高、中、初级大检察官，却并不由当地议会选举产生，而是由上级检察院任命，并向上级检察院负责。
只有最高检察院的首席大检察官，由国家议会选举产生。
除了国防体系和司法体系，派出分支机构最多的，还是行政体系。
包括户部改成的民政部、财政部，工部改成的农业部、工业部、商业部、邮电部、铁道部、交通部……只要是和地方行政相关的，全都往各省派出分部，并在各府县设置了支部。
最后，就是成立地方政府，完善整体制度规划了。
将各省原本的承宣布政使司改造为省政府，在各府、州、县都设府政府、州政府、县政府。
各级地方政府的行政长官（省长、府长、州长、县长）由地方议会选举产生。
行政体系派往地方的分支部门，受地方政府和上级部门的双重领导。
内阁作为中央政府，依旧往各省、府（州）、县派出巡抚、知府（知州）、知县，监督地方议会和地方政府，协调国防体系、司法体系与行政体系的关系，统管地方事务。
如此，明朝中央和地方的机构制度改革，便全部完成了。
