万历五年（1853年），欧洲“克里米亚战争”爆发。
一开始，这只是奥斯曼帝国与俄罗斯帝国之间的战争，所以被称为“第九次俄土战争”。
随着俄军击败奥斯曼土耳其，英国和法国害怕俄国威胁到他们在地中海的利益。为了防止俄国南扩，他们选择帮助奥斯曼土耳其。
万历六年（1854年），英法联军进入黑海，俄国宣布与英法处于战争状态，随后，英法也向俄国宣战，战争扩大。
此后，战争直到万历八年（1856年）才结束。
但战争中发生的事，早在战争期间，便被传到了世界各地。
在“克里米亚战争”中，世界各国都会看到——科技发明的应用改变了战争形态，战争胜负的决定性因素从人力变成了技术。
新式线膛步枪、蒸汽动力战舰、铁路、有线电报等科技发明，在这场战争中扮演了重要角色。
而有线电报也使得大众传媒可以实时传递战况，战争距离大众不再遥远，民意对战争进程产生了深远的影响。
这场战争后，军事后勤体系将发展为一个独立部门，工程保障、战地医疗、后勤运输能力也将得到极大提高。
各军事强国都会加速淘汰旧装备，摒弃滑膛式武器及木制帆力战舰，进行新技术军备竞赛，企图以不对称的技术优势击败对手。
由于这场战争的参与者中，有英、法、俄三大列强，因此，大明也很关注这场战争。
此时，大明正处于制度改革的关键时期。
对于这场战争中出现的变革，戚继光等明朝将领也会注意到，并在张居正的支持下，对明朝的国防体系，进行一次彻底的改革。
同时，将之前已经引入的参谋制度，以及在此次“克里米亚战争”中总结的经验教训，全都整合进新的国防体系中。
在行政体系改革中，明朝已经取消了军户、匠户等户籍的区分。
军户制取消后，卫所制便不复存在了。
而中国这么大一个国家，要维持几百万的常备军，不可能完全依靠募兵制，那样财政负担不了。
因此，中国在南北朝之前曾长期实行过的、现在的欧洲各国正普遍实行的征兵制，便是必须实行的了。
并且要形成制度，不能让征兵变成抓壮丁。
另一方面，卫所制虽然不复存在了，但卫所兵却不会凭空消失。
这些卫所兵，还有部分招募兵，作为旧军，大多已经没有了战斗力，甚至只存在于纸面上。即便还有战斗力，也已经落后于时代了。
因此，旧军都会被逐步裁汰或改编。
在司法体系的改革中，张居正还引入警察制度，将南、北两京的五城兵马司改为警察总署，并逐渐在全国各地设置警署。
此时，由大理寺改成的法院依旧作为审判机关，由都察院改成的检察院依旧监督审判机关。
而由刑部改成的司法部，则作为执法部门。
除了负责执行法院的刑罚判决、培养和选拔各类法务人员、管理全国各地的普通监狱之外，司法部还负责管理警察总署和全国各地的警署。
因此，司法部虽然是司法体系中的“三法司”之一，但也带有行政职能，需要向内阁负责。
而各地的卫所兵，除了直接裁汰的，都会被逐步改编为各地警署的警察，负责地方治安。
与司法体系中司法部类似，国防体系中的国防部，也带有行政职能，需要向内阁负责。
由兵部改成的国防部，在减少了驿站、军户管理的职能后，其他如掌管兵籍等职能，则依旧保持。
在实行征兵制之后，国防部还要负责对各地符合征兵条件的适龄男子进行征召、管理、训练，并挑选优秀者补充到新式陆军、海军中，逐步扩大新军常备军的规模。
此外，由于在“土木堡之变”后，兵部取代五军都督府，成为各地卫所军的实际统辖者，因此，国防部还要负责管理旧军，并与司法部对接，将他们逐步改编成警察和武装警察，或者将他们遣散，逐渐裁汰。
五军都督府，是中军、前军、后军、左军、右军都督府的统称，每个都督府都设左、右都督，一共10人，都是正一品。
在明初，五军都督府节制中外诸军事，是明朝的最高军事机构。
不过，在“土木堡之变”后，虽然五军都督府的官职品级还是所有机构中最高的，只有已被撤销的中书省与之品级相当，但却没有了实权，完全成了虚职。
在这场制度改革中，便可以改变这种不正常的状态。
将五军都督府合而为一，称为“军府”，并仿照内阁，将10位都督改称“军务大臣”，人数也减少到4~6人。
军府作为全国军事中枢，地位与提升品阶后的内阁平级，直接对皇帝负责。
下设陆军部、海军部和总参谋部、总后勤部、总装备部等部门。
所有新式陆军、海军，都归军府下的陆军部、海军部统辖，国防部只掌管兵籍，不负责统兵、调兵。
这样一来，让一切恢复正轨，让专业的人做专业的事，结束文官领兵的状态。
当然，结束文官领兵的状态，不代表让旧的武将领兵，更不代表将兵权还给了皇帝。
旧的武将所统帅的旧军，已经在逐步裁汰中。
军府所统辖的新军，各级军官，来源都与旧军不同——不再依靠个人勇武，也不再依靠首级记功来任命和升迁。
所有的军官、士官，都要在军事学院或武备学堂，经过系统的近现代军事知识学习之后，通过改革后的武举考试才行。
这种选拔方式，反而更偏向于原本文官的选拔方式，而非武官。
因此，新军中的军官、士官，与旧军中的武官，并不是同一个概念。
就像改革后的武举，也不叫武举，而叫军科科举了一样。
同时，皇帝想要调动军队，也必须通过军府，甚至通过内阁和议会，不能私自下达命令。
皇帝只是在名义上，作为全国最高军事统帅而已。
