1719年，正统八年。
明军对青海和硕特各部进行整编。
依照漠北三卫之例，改编为羁糜统治的游牧卫所。
为平衡青海蒙古各派势力，明廷以察罕丹津、达颜等各领一卫，分走了罗卜藏丹津的权力。
罗卜藏丹津为了得到和硕特汗国的汗王之位，也承认了明朝对青海蒙古的整编。
同年，明朝设置青海都指挥使司，建制上属于甘肃布政使司。
将甘肃的西宁卫划归青海都司，作为青海都司的治所。
至此，青海纳入明朝版图。
然而，就在明朝完成了对青海蒙古的整编，朱祁镇准备以“天可汗”的名义，册封罗卜藏丹津为新的和硕特汗国汗王之时，准噶尔军却再度入藏。
在西藏还没站稳脚跟的罗卜藏丹津，根本不是准噶尔军的对手，逃回青海，向明廷求援。
正统八年（1719）十月，朱祁镇复命定西侯蒋贵、靖远伯王骥领兵进藏征讨。
同时，朝中对于罗卜藏丹津能否守好西藏、抵御准噶尔军的入侵，也产生了不信任。
1720年，正统九年。
朱祁镇册封格桑嘉措为七世达赖喇嘛。
四月，明军以护送七世达赖前往拉萨为名进藏，获得了青海蒙古各部和西藏各地的拥护。
这一次，明军兵分南、北两路。
北路，由刘聚、冉保统帅甘肃、陕西、山西、漠南、漠北五省大军，由青海西宁进藏。
南路，由李安、宫聚统帅四川、云南、贵州、广西、海西五省大军，由四川巴塘进藏。
同时，调包括黑水羁糜所（索伦兵）在内，东北两省之兵，在漠北、甘肃与准噶尔汗国的交界之地策应。
八月十五日，大策零敦多布趁夜袭击明军，反被击败。
此后，准噶尔军多次袭击明军，均被击败。
大策零敦多布慌忙掉头退向拉萨，后率少数人回到伊犁。
八月二十三日，明军再次攻占拉萨，收复西藏。
九月十五日，格桑嘉措在布达拉宫举行了七世达赖喇嘛的坐床典礼，并拜五世班禅为师。
至此，驱逐准噶尔、安定西藏的战争结束。
为了防止准噶尔汗国再次入侵西藏，明朝派兵驻藏。
同时，废除第巴制，设立噶伦制，组成由四噶伦联合掌政的西藏地方政府。
对此，罗卜藏丹津非常不满。
他怒气冲冲的找到王骥，质问道：“朝廷答应我，在西藏为我恢复和硕特汗廷，为何却在整编了青海蒙古以后出尔反尔？”
王骥反问道：“如果朝廷再次将西藏交给你，在朝廷大军离藏以后，你能否守住西藏，保证西藏不再被准噶尔部侵占？”
罗卜藏丹津闻言，有些语塞，不敢保证。
但还是坚持说道：“可西藏是我祖父固始汗打下来的，是我们和硕特部的。朝廷大军驻扎可以，但不能干预西藏政务！”
听到这话，王骥倒是被气笑了，毫不客气的说道：
“其一，西藏从元朝开始，便是我中国领土。你祖父固始汗，不过是在前朝末年割据了西藏，但西藏主权依旧属于中国。就连你祖父固始汗，也接受了我大明太祖高皇帝的册封，何来西藏是你们和硕特部的之说？”
“其二，朝廷答应在西藏为你恢复和硕特汗廷，是为了让你为国守边。朝廷大军第一次离藏时，也已经将西藏交给你了。你没守住，还要朝廷大军再次入藏，并在此驻守。那朝廷为你恢复和硕特汗廷，还有何用？”
听到王骥的话，罗卜藏丹津哑口无言。
他想要要回青海，却没说出口。
他也知道，木已成舟，除非他武力夺回青海，否则明朝是不可能主动撤销青海都指挥使司的。
就算明朝同意，已经分得权力的察罕丹津、达颜等人，也不会同意。
这一战，罗卜藏丹津是赔了夫人又折兵，不但没能重建和硕特汗国、成为汗王，还失去了对青海蒙古的控制。
但他只能把所有的不满埋在心里。
王骥却已经看出了罗卜藏丹津有反心，率领大军班师回朝后，也提前做了应对准备。
定西侯蒋贵依旧挂征西将军印，统帅驻藏明军，防范准噶尔汗国。
而心怀不满的罗卜藏丹津回到青海后，便暗中联络准噶尔汗国的策妄阿拉布坦，相约发兵，同扰内地。
策妄阿拉布坦并不想出兵，但却怂恿、支持罗卜藏丹津发动叛乱。
1723年，正统十二年。
六月，已经年迈的定西侯蒋贵离开西宁回京，新的征西将军人选还没有定，罗卜藏丹津便趁机发动叛乱。
他胁迫青海和硕特各部各台吉于青海湖东岸会盟，命他们放弃明廷的卫所官职，恢复以前的旧称。
罗卜藏丹津自称“达赖浑台吉”，统驭诸部。
察罕丹津、额尔德尼等不从，罗卜藏丹津便发兵进攻之。
双方四次交战，察罕丹津、额尔德尼等皆败，退往甘肃，向明朝政府求援。
朱祁镇命靖远伯王骥提督军务，都督宫聚为总兵，张軏、田礼为左右副总兵，方瑛、张锐为左右参将，率军十三万讨伐。
九月，青海塔尔寺大喇嘛察罕诺门汗，响应罗卜藏丹津叛乱，挑唆远近喇嘛及百姓20余万人，掠牛马、烧草谷、抗官兵、犯西宁，青海大乱。
十月，王骥统帅大军到达西宁时，罗卜藏丹津正在猛攻西宁，而西宁卫守军则凭城固守。
王骥指挥部下，用大炮将叛军击退。
罗卜藏丹津自西宁败走后，退据青海柴达木以东的敖拉木胡卢。
而明军乘胜追击，在之前两次进藏、设置青海游牧卫所时，早已摸透的青海地区，一路势如破竹。
同时，令驻藏明军堵住罗卜藏丹津进藏之路。
1724年，正统十三年。
二月，罗卜藏丹津已无力组织反攻，逃离青海，投奔策旺阿拉布坦。
至此，罗布藏丹津之乱被平定。
战后，明朝对青海的掌控力大大提升。
明朝在青海都指挥使司的基础上，设青海承宣布政使司。
在西宁卫的基础上设西宁府，府卫同城，作为青海布政使司的首府。
