却不料大风突起，海水涨潮导致水师明军阵营大乱，叛军们趁机向明军反击，并俘虏了被海水冲上岸的明成山卫指挥使：龚正祥。
但由于涨潮，因此叛军们也暂时打消了出海的念头。
明崇祯六年公元1633年2月13日，后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，以奉召失期、力保逃将：刘爱塔、出使李氏朝鲜王国受私馈、往明得胜堡议和而迟至。
这4条罪状为由，将后金镶红旗牛录额真：钮钴禄·库尔缠，给处死！
其主要原因还是煽动后金女真族人蓄发衣冠改穿汉服，学习汉文化，破坏女真习俗，因此才遭到了后金天聪汗的毒手。
2月26日，在大明帝国山东都指挥使司登州卫，明叛将：孔有德，等叛贼正被围城，粮草弹药眼看断绝，但任然恃水城可逃，故不降。
明军久攻不下护城河，就开会商议最终采用了明抚宁卫镇抚使：刘良佐，之策以火药火炮炸城，待城垛崩塌之时，明天津卫左参将：王之富、明宁远卫右参将：祖宽，等将领一拥而上夺其护城河城门。
再由明鳌山卫副总兵：王来聘，率部首先登城作战，却受伤而死！
很快登城明军就控制住了城楼上下的叛军，而明登莱监军：高起潜，还在登州卫郊外的挂傍山上筑建了一座炮台，开始用红夷大炮炮轰登州卫指挥所。
这让明叛将：孔有德、耿仲明，两人无奈只能选择弃城出海逃亡，城破明军俘虏叛军千余人，而叛军们仓惶自尽及投海死者不计其数。
在海上叛将：耿仲明，负责殿后拖住山东都指挥使司威海卫、登州卫、莱州卫、成山卫，四支水师明军的追击。
三天后叛将：耿仲明，才逃跑前去追赶孔有德，两人前往东江镇与皮岛辖区避难，至此登莱两府孔李叛乱被平定。
另一边明东江总镇总兵：黄龙，得知叛军经过自己辖区时，当即就派遣了明东江镇水营游击将军：尚可喜，率领水师船队前去围堵叛军，但因追击叛军途中遭遇到了飓风，而导致部分船只失去了方向。
最终船只来到了登州卫码头时，又被明广宁左屯卫指挥使：祖大弼，怀疑是叛军余党，便下令士兵攻击。
打得尚游击措手不及，幸好明东江总镇总兵及时赶到，搭救他们返回海上。
待回到东江镇地界后，黄总镇总兵预计叛军们兵败后，有可能会从沙门岛、鼍矶岛、皇城岛，上岸去偷袭金州守御千户所、金州卫，因此早已传令将士们严阵以待。
还让明中协副总兵：周文郁，等将领配合对叛军穷追不舍。
3月10日，明军水师缴榜李氏朝鲜王国，要求李氏朝鲜平安东西两道驻军，务必要拦截叛军北上联络东虏建奴的去路。
因此明军与叛军在鸭绿江卓山大战，击溃了叛军生擒叛军伪都司：毛有顺、毛承福、毛承禄、苏有功、陈光福，及其党高志祥等十六人，斩叛将：李应元，俘虏一千叛军，夺还妇女无数。
由此明东江镇水营游击将军：尚可喜，也因平叛有功，被提升为〔广鹿岛左参将〕。
3月13日，李氏朝鲜仁祖陵阳大君纯孝郡王：李倧，得知大明叛军游走于海防时，也暗自下令李氏朝鲜平安西道驻军从陆面出击，明军则在海上堵截，双方攻打叛军于麻坨山。
两战皆大捷，吓得叛将：耿仲明，连忙派遣使者前去乞降，请修筑南关，以稳定辽东都指挥使司统治，表示自己愿意打头阵收复；复州卫、金州卫，地区以自赎。
但明东江总镇总兵不肯，认为这定是叛军的诈降计，因此下令继续围攻，使得叛军们由西北逃遁，打算引起东虏建奴军队的反应。
眼下后金水师正屯驻在马耳山下，扎营于镇江堡九连城内，因此明中协副总兵打算先发制人，派遣部将到马耳山下的下流，故布疑兵来个空城计，而且专等晚上天黑点燃火把引诱敌军。
很快东虏建奴闻讯，杀入空营内，明军则趁机点燃用事先准备好的枯草，使得整个军营火起，大雾让东虏建奴士兵不知去向，竟乱放箭自相残杀。
这事也惊动了李氏朝鲜平安西道都巡察使雒兴君：金自点，他亲自率军前来让李氏朝鲜吏曹左参议：李行远，奉书与明将交涉。
恰好此时后金使者正白旗牛录额真：他塔喇·英俄尔岱，来李氏朝鲜王国征收物资，就听说了九连城之事，还得知明军正在追击叛军，就致书李氏朝鲜郡王，请以叛将：耿仲明，送入后金军中为人质，并打算包庇孔有德他们。
为此明中协副总兵首先与李氏朝鲜雒兴君谈好了，抓到叛军将领一律送交明军处置，可由于叛将：耿仲明，之前就曾投降过后金汗国，官至千总。
还是从刘爱塔收复辽南四卫事件中，跟随辽民们一起逃回去皮岛的，他害怕被抓回后金汗国可能会被处死，因此自然是不敢轻易投降后金汗国的。
这似乎也被后金天聪汗得知消息后，看穿了，他连忙派兵前去接应，还顺带想收揽这支人马加入后金。
4月20日，叛军将领们带着家眷1万多人行军到鸭绿江口时，就与后金镶蓝旗和硕贝勒：爱新觉罗·济尔哈朗、后金镶白旗台吉：爱新觉罗·阿济格、后金镶红旗贝勒：爱新觉罗·杜度，率领的后金军相遇。
双方相遇当即就被要求剃发归降，面对前有东虏建奴骑兵，后有明军水师以及李氏朝鲜追兵的情况下，孔有德首先同意投降。
随后不甘心的耿仲明也只得放下面子剃发投降，因此后金军才喝退了前来追击的明军、李氏朝鲜平安东道宁边大都护府联军。
投降之后的孔有德与耿仲明，带来了后金汗国急需的船队、红夷大炮以及工匠，所以后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，对他们的投降极为重视，亲自率领诸贝勒们出盛京城外十里迎接。
不仅如此后金天聪汗还使用了女真人最隆重的抱见礼相待，并以先投降的孔有德为〈都元帅〉，又授予耿仲明为「水师总兵」官职，两人均安置在东京（辽阳府），让他们单独自成一军，称［天佑军］，并给予特殊待遇。
然而再次投降后金之后的后金水师总兵：耿仲明，却公认侵夺后金都元帅：孔有德，的部众。
这导致了那些部众们开始向后金都元帅控诉，而后金都元帅就趁机弹劾后金水师总兵，也让后金水师总兵害怕惩罚，就上奏请求将自己侵夺孔都元帅的那些部众们，全部归还给孔都元帅。
两人这一唱一和的，倒是让后金天聪汗看了个大笑话，他认为这正是大明帝国军户乃至官员们互相争斗的恶习，是为亡国之举！
便下诏嘉奖后金都元帅，并且下令后金都元帅要好好安抚后金水师总兵，还让他俩不要贪念以前的恶习。
随即就召他们入汗庭并赐宴。
6月初4日，后金天聪汗与众贝勒们商议对；李氏朝鲜王国、大明帝国、漠南蒙古察哈尔部的军事策略，首先由后金镶蓝旗和硕贝勒：爱新觉罗·济尔哈朗，上奏道“女真语：李氏朝鲜王国如果不遵守盟约，就退回他们的贡品，只和他们互市交易，不必前去攻打，眼下大明才是我们的敌国，应该先攻取明廷临近京畿的几个城池，长久驻扎，在伺机进攻，另外还要屯兵山海卫以东，广宁中屯卫（后金称锦州）以西，以此来扰乱明廷的耕种，让他们的军队疲于奔命，不得休息，再分兵一半在山海卫前安营，一半绕道至关后，内外夹击，让明军左右为难。”
恰好后金天聪汗也是这样想的，见他一向行事慎重，因此每次在御驾亲征时，总是让他留守汗庭盛京城。
6月15日，漠南蒙古察哈尔部左翼大总兵：塔什海、漠南蒙古察哈尔部右翼大总兵：虎鲁克寨桑，以及漠南蒙古察哈尔部万户：巴达西寨桑，等5个头目率领千余户纷纷脱离漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔）转而向东前去投降后金汗国。
而西迁进入朵甘都指挥使司青海蒙古的漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗，因部众粮食断绝，甚至到了杀人易食的地步。
不过为了摆脱这种困境，漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗还联络了，刚刚打入朵甘都指挥使司青海蒙古的漠北蒙古喀尔喀部却图汗：博尔济吉特·绰克图台吉，企图一起征服青海蒙古土默特分部。
甚至与格鲁派（乌斯藏都指挥使司藏传佛教）发生争斗，以夺取霸权领域。
方便联合乌斯藏都指挥使司的藏巴汗：噶玛丹迥旺波、康区的白利土司（仁蚌巴帕竹政权首领）：月顿多吉，一起结盟，因为他们都不信仰黄教，所以被称为［反黄教联盟］。
正因有了盟友的支持，漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗一没有物资，就发兵攻打大明帝国陕西行都指挥使司甘肃总镇地区的卫所，以掠夺人口、粮食。
另一边刚投降后金汗国的，后金都元帅：孔有德、后金水师总兵：耿仲明，二人因咽不下这口恶气，便企图借助后金八旗铁骑之手来报仇雪耻。
但后金天聪汗精明，自然能洞察他们这点小心思了，便不愿被他们当枪使，而当时后金大臣们却普遍认为攻取金州卫、金州中左守御千户所（旅顺）的时机已经成熟了，不断上奏出征。
其中以后金兵部启心郎：丁文盛、后金兵部笔帖式：赵福星，上奏称“明廷黄总镇总兵今占据金州卫与金州守御千户所，甚为我国心腹之患，前日虽欲举兵，但犹阻于水路难通，彼得捍御一面，非计之得也，今日既有船只，又有孔耿二位水师将领充当先锋，当顺水而进，随以红夷大炮攻打前方，彼必首尾难顾，而黄总镇总兵必为我军所擒，此今日之机会，决不可失。”
