并立即移军驻扎在金州守御千户所，让援军们得以通畅。
紧接着明叛将：孔有德、耿仲明，又转而想诱降黄总镇总兵十二岁的幼子：黄大喜，想通过小孩来胁迫黄总镇总兵投降。
但黄大喜却很有气节，年轻虽小却敢破口大骂孔、耿二人，结果下场很惨，当即被杀，人头落地，黄母、黄夫人也随之被害。
2月初1日，明叛将：孔有德，采用叛将：耿仲明，之计尽放明登莱巡抚：孙元化、明山东提刑按察使司兼辽海监军道：王徵，等人回朝提诏安之事。
然而此事一出明天津三卫巡抚：郑宗周，便让明天津卫总兵：孙应龙，前去劝降，因为他与叛将：耿仲明，曾经是好友，可以写书信劝降。
却不曾想耿仲明将计就计，随便找了个人头送了过去，说他已经斩了明叛将：孔有德，还让孙总兵迅速来受降。
2月13日，地方都司衙门以及朝廷本来也同意诏安计划了，但怎奈明山东总镇巡按：王道纯，却私自藏匿了诏书，导致叛军们长时间求诏安不得！
不仅如此明山东总镇巡按还下令地方军，趁机袭击叛军，将乱事扩大化。
叛军们在登州卫竖起「替天行道」的大旗，他一面引诱辽东都指挥使司沿海军民加入，一面又向四周积极扩张，兵锋直指山东都指挥使司，另一处重镇〈莱州府〉。
因此叛军们就从登州府招远县入莱州府首府掖县、莱州卫，一带地区与守军抗战，新任的明登莱巡抚：谢链，与新任的明山东总镇巡抚：徐从治，等人一起防守。
这下可把赶到莱州府的明天津卫总兵高兴极了，但刚一入营就被叛将：耿仲明，给斩杀了！
3月12日，后金天聪汗趁着大明帝国内乱之际，第二次集结大军下令远征西部的漠南蒙古察哈尔部，还传令归顺后金汗国的漠南蒙古各部速率本部兵马前来汇合，一同出征。
3月21日，明山东总督：刘宇烈，联合明蓟州总镇总兵：邓玘、明密云中卫左参将：牟文绶，以及四川都指挥使司（川军与土司兵），等军队前往莱州府救援。
总计调集了援军2万5千人，外加6门红夷大炮，但明山东总督却不懂军事，居然逐次把兵力投向战场，犯了兵家大忌优势。
这还不算最糟糕的，待援军们走至北直隶顺德府沙河县，众将们以及朝廷均商议要安抚叛军，而这刘总督居然还用弱旅来运送红夷大炮。
结果在过了山东承宣布政使司东昌府进入济南府长山县时，就被叛军们绕到后方偷袭，截获了6门红夷大炮，这一炮没放就这样全都资敌了，大量的辎重、火器也都全被叛军们收缴。
叛军们还利用这些物资跟火器反击，打得明山东总督麾下的2万5千人，丢盔弃甲只剩6百余人逃到了青州府首府益都县、青州左卫境内与衡亲王府驻军打算下一步计划。
吓得明衡宪亲王：朱常??，庶第三子明镇国将军：朱由棷，连忙让援军们前去莱州府昌邑县议和，就连明莱州府推官：屈宜阳，也请求要入明叛将：孔有德，军营内议抚。
结果明叛将：孔有德，以礼相待这让明山东总督又以为叛军可以招抚，便请示朝廷，而叛军们则乘其不备，突然攻城导致明军大败！
4月10日，漠南蒙古科尔沁部、漠南蒙古内喀尔喀扎鲁特部、漠南蒙古内喀尔喀巴林部、漠南蒙古奈曼部、漠南蒙古敖汉部、漠南蒙古喀喇沁部（哈喇慎部）、漠南蒙古河套土默特部、漠南蒙古阿鲁科尔沁部、漠南蒙古翁牛特部、漠南蒙古阿苏特部，等漠南蒙古诸部的台吉、贝勒们汇聚于西拉木伦河岸。
再加上后金天聪汗本部主力军队，总兵力约有10万兵马。
此时后金镶黄旗麾下，两个漠南蒙古人偷马逃出，将后金天聪汗正率兵大军压境的消息报告给漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔），让他做好御敌准备。
不过眼下漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗刚入侵了大明帝国边界万全都指挥使司长城一带，正驻帐于万全都指挥使司宣府镇边外［归化城］。
他听说事情后非常震惊，因为大明信王崇祯帝：朱由检，拒绝贡赏导致漠南蒙古察哈尔部西迁以来实力大减，自己又入侵劫掠得罪了大明天子，少了友军的支持肯定招架不住后金蒙古联军进攻，而后金天命汗：爱新觉罗·努尔哈赤，这个老对手的儿子后金天聪汗：爱新觉罗·皇太极，又穷追不舍。
因此为了保存兵力，漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗立即下令率部继续西奔，后方的后金天聪汗则率领后金蒙古联军，分兵三路穷追漠南蒙古察哈尔部41天。
4月16日，明叛将：孔有德，在攻打莱州府时，明山东总镇巡抚：徐从治，组织军队在平度州、昌邑县，一带驱除叛军，却在指挥作战中不幸被叛军炮弹击中要害牺牲殉国。
5月15日，后金天聪汗率领大军进驻到归化城时，在得知漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗已渡过黄河而去。
遂停止追击，转而下令攻打大明帝国万全都指挥使司从柴沟堡进入内地，过万全左卫、宣府前卫、宣府左卫、宣府右卫、保安州（保安卫）过延庆州走永宁县，避开永宁卫与延庆左卫彻底摆脱大明追兵，成功返回长城关外。
途中还收拢了漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗：孛儿只斤·林丹汗巴图尔（虎墩兔），所部遗众数万人，迫使漠南蒙古察哈尔部胡图克图汗亡命到朵甘都指挥使司（青海蒙古土默特部），在逃难过程中部众大量流失。
7月初6日，来到北直隶顺天府紫禁城内的孙元化、王徵，等官员上奏诏安山东承宣布政使司叛军之事，但却被众官员弹劾。
连同王道纯等官员也一起被抓下狱治罪，至于王徵因为朝中好友官员力保，仅仅只是发配到山东都指挥使司莱州卫充军，免除一死。
7月10日，明叛将：孔有德，再次用诈降术来对付一起出城招抚叛军的明登莱巡抚：谢琏、明莱州府知府：朱万年，两人还传令让明山东总督：刘宇烈、明山东总镇总兵：杨御蕃，也来招降。
其中明莱州府知府与明登莱巡抚，闻讯刚到叛军军营门口，就被叛将：李九成，给残忍杀害。
此时莱州卫城内的杨总镇总兵，也果断下令向叛军密集处开炮，导致叛军们死伤累累，还上奏朝廷请求增援，并且断绝招抚念想！
然而面对明登莱巡抚：谢琏、明莱州府知府：朱万年，两位官员的死，也让朝廷彻底认识到了招抚政策已经无效，不应该再对孔李二人抱有任何幻想，因此明毅宗信王崇祯帝：朱由检，也打算全力征调精兵围攻叛军。
甚至还从辽东都指挥使司前线，抽调了2千战斗力强悍的关宁铁骑兵前来参与平叛。
8月13日，朝廷任命明都察院右佥都御史：朱大典，为〖山东总镇巡抚〗前来救援莱州府。
很快明山东总镇巡抚：朱大典，就率领数万兵马以及关中劲旅抵达山东都指挥使司德州卫、德州左卫，一带并迅速过济南府（济南卫）、青州府（青州左卫），在率军行进到莱州府昌邑县时，就此几路援军们开始集合并誓师。
其中关宁军由明宁远卫总兵：金国奇、明内官监太监兼登莱监军：高起潜、明宁远卫左参将：靳国臣、明广宁左屯卫指挥使：祖大弼、明宁远卫右参将：祖宽、明宁远卫镇抚使：张韬、明宁远卫游击将军：吴三桂、明抚宁卫镇抚使：刘良佐，等将领统帅大军总计2万5千兵马出击。
众将们首战迎敌便斩杀了叛将：陈有时，后又分兵三路，对多达十数万的叛军发起进攻。
先由明宁远卫总兵：金国奇，率部从中路进攻、再由明昌平州兼居庸关总兵领招抚提督：陈洪范，率部从南路进攻、明天津卫左参将：王之富，率部从北路进攻。
8月20日，明军们开始进兵山东承宣布政使司登州府黄县，叛军们不得已只能倾巢出战，却抵挡不住被关宁军与北直隶地区的卫所军进攻，叛军们很快就被打败。
9月初2日，大明帝国南方沿海地区海盗首领：刘香，连续攻打福建承宣布政使司、广东承宣布政使司沿海州府县地区。
其中明广州前卫都司：许当辰，率兵围剿海盗时不幸战死！朝廷便派明福建总镇巡抚：熊文灿，升任「两广总督」事务，并且商议是否要诏抚海盗首领。
毕竟明延平卫游击将军：郑芝龙，就是被朝廷所诏抚的海盗之一，因此明两广总督：熊文灿，决定再次采取诏抚政策。
而海盗首领：刘香，便佯攻沿海卫所以引诱明军出来，结果明广州兵备道兼广东海道副使：洪云蒸、明广州兵备道兼广东海道佥事：康承祖、明广州府左参将：夏之本、明香山守御千户：张一杰，相继入得香山县宣谕，却被海盗首领给俘获。
当作与明军谈判的人质。
12月初9日，明军大举围攻登州府登州卫，还和明青州府总兵：刘泽清，等人一起修建了长长的围墙，来围困住登州卫地界。
其城三面环山，一面临海，墙有三十里长，东西俱抵大海，由明将分番戍守，导致叛军们出不来，只能朝明军开炮反击。
但按耐不住被动的叛将：李九成，就偷偷率军出城与明军交战被击杀，还成功打退了叛军，把他们给逼回了城内，气得明叛将：孔有德，当即就下令放弃登州卫逃入海中避难。
同时明成山卫指挥使：龚正祥，等将领正率水师驻扎于登州卫海上，在发现叛军们准备逃跑时，便趁着叛军们准备登船之际开炮，凿船乃至焚烧多余的海口船只。
