1797年，正德十六年。
四月二十七日，朱厚熜令群臣议定明武宗的谥号，并商议自己生父朱祐杬的主祀及封号。
由此，一场声势浩大的“大礼议”之争，拉开了序幕。
五月初七，礼部尚书毛澄，及以内阁首辅杨廷和为首的文武群臣六十余人，联名向朱厚熜上奏。
他们以汉朝定陶恭王刘康（汉哀帝生父）和宋朝濮安懿王赵允让（宋英宗生父）为先例，建议朱厚熜尊朱祐樘为皇考，改称朱祐杬为皇叔父，对其亲生父母自称“侄皇帝”。
同时，将益王朱祐槟次子朱厚炫过继给兴献王朱祐杬为子，主奉兴献王之祭祀。
最后，他们还说：“朝臣中有异议者即奸邪，当斩！”
对于这样的提议，朱厚熜当然是不能接受的。
朱厚熜拿出内阁拟定的朱厚照遗诏，里面说他是“伦序当立”。
也就是说，按照“父死子继，兄终弟及”的皇位继承顺序，朱祐樘、朱厚照父子死后，就应该是作为朱祐樘弟弟的他爹朱祐杬继承皇位，然后再传给他，不需要让他过继给伯父朱祐樘。
而且，他从一开始就不是以皇太子的身份进入京城的，也从来没有被伯父朱祐樘过继为子。
不论是汉哀帝刘欣，还是宋英宗赵曙，都是在汉成帝刘骜、宋仁宗赵祯生前就被接进宫中、封为太子的，与他的情况不同，不能作为先例。
另一方面，他爹朱祐杬也只有他一个儿子，如果他被过继给伯父朱祐樘，那么他自己的亲生父亲就绝嗣了。
于是，双方陷入僵持。
朱厚熜几次下诏尊加其父徽号，都被杨廷和等大臣封还。
对于朱厚熜怕自己亲生父亲绝嗣，毛澄提出，可以等将来朱厚熜有子后，以第二子取代朱厚炫成为兴王，继承其父亲的王统。
对于这个提议，朱厚熜当然是不满意的。
五月、六月，朱厚熜开始处理朱厚照在位时遗留下来的问题。
在朱厚照在位时，便被拘禁、抄家的宠臣钱宁，被处以磔刑。其养子钱杰等十一人全都被斩首，妻妾被发给功臣家为奴。
而在朱厚照死后，他的另一宠臣江彬，也在进宫祭奠时被捕，并进行抄家。此时，也将其凌迟处死。
同时，许多与钱宁、江彬走得近的官员，也全都受到牵连。
例如兵部尚书王琼，先被关进了都察院的监狱，后又因竭力攻击杨廷和，被发配充军。
七月初三，新科进士张璁上疏，支持朱厚熜。
他将朱厚熜的心声全部说出，提出“继统不继嗣”之论，建议朱厚熜仍以生父为皇考。
朱厚照见此奏章后大喜，说道：“此论一出，我父子亲情就能保全了！”
而张璁此论提出后，赋闲在家的杨一清、心学大宗师王守仁等人，都表示支持。
湖广总督席书、吏部员外郎方献夫也上疏，附和张璁的“继统不继嗣”之论，但两封奏疏都没能上呈。
其实，很多人都清楚，“大礼议”之争，看似是在为朱厚熜应该认谁为爹而争论，但实际上，是朱厚熜与以杨廷和为首的文官争夺话语权。
张璁出身微末，与此时权倾朝野的杨廷和相比，人单势孤，自然不能改变什么，甚至他自己还被贬至南京刑部。
十月，朱厚熜生母蒋妃进京。
在奉迎生母蒋妃入京的礼仪上，朱厚熜坚持行迎皇太后之礼，却遭到杨廷和反对。
朱厚熜仗着自己只是一个十四岁的少年，当场痛哭流涕，表示愿意辞去皇帝之位，与母亲返回安陆。
杨廷和无奈之下，只得让步。
于是，朱厚熜以皇太后礼，迎生母蒋妃入宫。
1800年，嘉靖三年。
被贬至南京刑部主事的张璁，与同僚桂萼等，又上疏重提旧事。
朱厚熜下旨，诏两人入京，封为翰林学士，专负责礼仪事项。
正月，明世宗召集群臣集议。
杨廷和见明世宗有意变更前议，上疏请求致仕。
根据明朝惯例，上疏请求致仕，一般要三请三辞之后，才会同意。
杨廷和前两次上疏请求致仕以后，群臣便立即上书，请求朱厚熜挽留杨廷和，朱厚熜只得无奈挽留。
但是，在杨廷和第三次上疏请求致仕时，朱厚熜在群臣让他挽留的奏书送到之前，便立刻同意了他致仕的请求。
就这样，杨廷和结束了他的政治生涯。
不过，朱厚熜仍然赐他加盖玉玺的书券，照常例供给他车马、钱粮、护卫人员，重申以前荫封一子锦衣卫指挥使的授命，以安抚朝臣。
杨廷和辞官后，礼部尚书汪俊，酝酿了再一起集体谏诤。
吏部尚书乔宇等人，根据侯廷训据宗法所作《大礼辨》，率群臣近250人一同进言，反对明世宗以兴献王为皇考。
朱厚熜不悦，下令让更多的官员参与进议论中来。
但是，给事中张翀等32人、御史郑本公等31人，以及王守仁的大弟子邹守益等人，也全都抗章力论。
还有前朝状元唐皋，表面上是在调停，实际上倾向于反对。
朱厚熜见状，对此次进言之人全都进行斥责、罚俸，甚至罢黜。
三月，朱厚熜退让一步，称自己生父朱祐杬为“本生皇考”，但在宗法上，他还是需要称伯父朱祐樘为“皇考”。
七月十二日，朱厚熜要除去“本生皇考”前面的“本生”二字，诏谕礼部，于十四日祭告天地、宗庙、社稷，群臣哗然。
七月十五日，杨廷和之子杨慎等人提出倡议，让百官在宫门前哭请朱厚熜改变旨意。
杨慎还喊出口号：“国家养士一百五十年，仗节死义，正在今日！”
于是，朱厚熜派出锦衣卫，将参与此事的官员中，五品以下的134人逮入诏狱，让四品以上86人待罪。
七月二十日，锦衣卫请示如何处理逮捕的官员。
朱厚熜下令，四品以上的官员停俸，五品以下官员当廷杖责。
最终，有16人因廷杖而死。
至此，为时三年的“大礼议”，以朱厚熜获胜而告终。
而朱厚熜也开始启用张璁、桂萼等人，整顿朝纲，推行新政。
