第二次忍界大战持续了几年之后结束，在这场战争中诞生了许多有名的强者，野心勃勃的山椒鱼半藏遇到了初出茅如的木叶忍者，结果却让他大吃一惊。
这三个忍者年纪轻轻就已经有了上忍的实力，甚至比普通的上忍要强上很多，再回想起自己忍村的忍者，他意识到了只有自己强大是没办法和五大忍村媲美的。
于是他放走了这三个忍者，向木叶释放了自己的善意，还为这三个人取了个名号，名为木叶三忍。
自来也，纲手，大蛇丸。
命运让这三个人依旧成为了队友，虽然纲手成为了人柱力，但是这显然并没有埋没她的天赋，甚至因为有了尾兽的查克拉，她的实力比原著要强上很多。
可惜她还做不到成为完美人柱力的程度，否则的话就算是被称为半神的半藏，这次估计也要阴沟里翻船了。
见识到三忍的实力，半藏了解到了自己忍村的忍者和五大忍村的忍者之间的差距，于是他主动放弃了野心，决定这场战争中只要保护好自己的村子就可以了。
或许命运真的存在着惯性，三忍在这个年纪和半藏交手还得到了对方夸奖，一时间在忍界名声大噪。
而自来也在这个时候，也遇到了雨之国的三个孤儿小孩子：小南，弥彦和长门。
大概是出于同情的心理，又或者是愧疚之类的，自来也决定留下来教导这三个孩子。
起初他只是想教给他们一些在乱世中生存的知识，想要让这三个孩子存活的能力更多一些，但是紧接着在一次意外之后，自来也发现了长门的轮回眼。
随后他就想到了那个来自他通灵兽一族的预言，自来也会遇到传说中能为这个忍界带来动荡的预言之子，并将其收为徒弟。
等到所谓的预言之子长大，便会改变整个忍界，可能会给忍界带来和平，也可能会带来无尽的战争。
虽然之后他又被告知，能预见未来的梦境不知道为什么突然变得模糊不堪，再也不能清楚的看到未来的画面，但是自来也依旧相信着这个预言，并且开始寻找天赋极佳的人收为徒弟。
联想到这个预言，自来也在看到轮回眼之后，觉得长门很可能就是那个命运之子，于是他选择留下来教导这三个孩子。
不仅仅是像之前那样只教生存技能，而是将他们当成自己的亲传徒弟，开始教导他们成为一名合格的忍者。
有了自来也的保护，小九对长门的安全暂时放心了下来，他将这件事情告诉了斑，后者很满意计划竟然进行的如此顺利，于是他又说出了自己下一步的打算。
“既然轮回眼的容器问题已经解决了，现在该去寻找一个，能够暂时代替我，在我离开人世的这段期间，替我执行计划的人。”
“我还以为你会选我呢。”
小九尾巴垂了下来，有些不太想看到别人顶着斑的名号行事，斑听到之后微微叹了口气，开口解释了一下。
“我需要一个拥有宇智波血脉的人来替我做事，那只是一个工具而已，你和他们都不一样。”
斑的话音落下，小九开心的摇了一下尾巴，觉得自己好像已经追到老婆了，斑刚刚不是说了嘛，他和其他人都不一样。
这么想着，小九的尾巴甩的更欢快了，他因此高兴了一整天，第二天一大早就准备出发，去木叶偷偷寻找斑想要
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此时的木叶，没有柱间坐镇，甚至连扉间都死了，根本没有实力能和自己比肩的人存在，再加上他的潜入技巧是斑亲自传授的，想要偷偷进入木叶还是很轻松的。
摸进宇智波族地，小九装模装样的开始寻找了起来，不过有着原著剧情的外挂，他知道最合适这个位置的人就是带土，小九觉得自己只需要假装努力一下，然后将带土的消息带回去给斑就行了。
过了几天，他将带土的存在告诉了斑，在得知对方现在还是个忍者学校的学生之后，斑想了想，做出了决定。
“年纪有些小，不过也没有关系，反正长门那边也需要时间，那么就先休息一段时间吧。”
小九应了一声，并没有提出异议，第二次忍界大战也很快的结束了下来，整个忍界又陷入了短暂的和平状态。
斑借着这个时间，试图利用外道魔像和柱间细胞，制造一些复制品出来，于是一直隐藏在暗处的黑绝终于找到了时机，引出了辉夜曾经献祭给神树的人类。
这些人类在被神树吸干了之后，尸体就会变成一种特殊的白色人形生物，拥有着很多特殊的能力。
斑只觉得，这些人都是他自己制造出来的，是柱间细胞的劣质复制品，于是他又将自己的细胞加入了进去，结果却什么都没有得到。
原本在原著里，这个时候黑绝会假装自己是斑制造出来的东西，出现在对方的面前，但是这次黑绝却不敢这么做了。
他是辉夜临被封印时制造出来的存在，他的目的只想要救出辉夜，本来以为斑会是最适合的那枚棋子，但是让他没想到的是，小九的出现打乱了他所有的计划。
