此举导致燕军大败，许多燕军被明军火器所伤，只有明燕武亲王仅以数百名骑兵殿后，才能安然退至山东承宣布政使司东昌府临清州馆陶县，可依旧被明山东都指挥使：盛庸，传令明安陆侯：吴杰、明北平行都指挥使：平安，从真定府抄近路去拦截燕军的归路。
然而待得胜捷报传回去朝廷之时，却遭到了明惠宗：朱允炆，的反感与大怒。
因为之前自己下令削藩时，就已经逼死了一个十二皇叔明湘献亲王：朱柏，眼下要是在害死四皇叔明燕武亲王：朱棣，的话，那么自己就真的是千古罪人了！
故此他下了一道诏令去前线，让围剿燕军的明军们都有些懵圈？他的一道圣旨“朕要见到活的叔父，押来帝都应天府皇城。”
因此才使得明燕武亲王逃过了多次被围困的劫难，也正是明惠宗的这种妇人之仁，最终也将朝廷推向了深渊。
在明建文三年公元1401年正月11日，由于明军不敢过多围攻燕军，才让燕军得以喘息过来，最后朝廷经过兵部商议，不得不重新启用明兵部左侍郎：齐泰、明翰林院大学士：黄澄，两人官复原职留朝参政。
紧跟着明安陆侯：吴杰、明北平行都指挥使：平安，两人在深州之战中失利，燕军才得以返回，在这次战役中燕军精锐几乎丧失殆尽，幸亏明山东都指挥使及时赶到，并打退了燕军，使其朝廷明军声威大振。
对此明惠宗亲自前去祭庙告捷。
3月10日，燕军又南出保定府，明山东都指挥使则扎营在夹河，被明燕武亲王轻率骑兵来探掠阵而过偷袭侧营，气得明山东都指挥使立刻派遣千名骑兵追击，还反被燕军射箭击退。
双方交战过后明山东都指挥使军持盾而进，明燕武亲王则命步兵先攻，骑兵则乘机迅速推进，明山东都指挥使大怒亲率军力战，斩其燕军北行都指挥同知：谭渊。
而燕军左军都指挥使：朱能、燕军万全都指挥同知：张武，等部将也率部殊死战斗，明燕武亲王则以轻骑穿越阵地与燕军左军都指挥使会合，明山东都指挥使的援军明山西都指挥使：庄得、明河南都指挥使：皂旗张，等将领战死，但是燕军在这一天内也死伤惨重，几乎大败。
第二天再战燕军在东北，明山东都指挥使在西南，从早晨战至下午双方互有胜负，待两军都已疲惫之时，将士们各自坐下休息。
随后又开始交战，忽然东北风大起，飞尘遮蔽天空，燕军乘风大喊左右横击，打得明山东都指挥使大败逃回德州卫从此气沮不已，燕军山东都指挥佥事：李远，在沛县焚毁明军运粮船只，使得明军缺乏粮饷不敢轻易出兵。
燕军才能继续组织军队大规模南下，败明山东都指挥使于滹沱河，再败明安陆侯于藁城，朝廷震怒直接让明兵部左侍郎在外募师勤王。
当时明燕武亲王虽多胜，但也损失颇重，而朝廷军源颇广不必担心，燕军在北平行都指挥使司、山东承宣布政使司一带所攻下的城邑，等军撤回后又被朝廷军队所占据。
5月初6日，朝廷辽东明军又南下围攻永平府地区，被燕军山海卫指挥佥事：吴兴旺、燕军抚宁卫指挥使：谷祥，将其击败。
当时驻守县中嵩林庄、高家庄的燕军与辽东军对垒八十天，以燕军开平卫百户：陈华，阵亡于良儿庄而继续推进。
11月初2日，明辽东总镇总兵：杨文，进攻抚宁卫，结果被燕军反扑大败！是月在燕亲王府内评论战守永平府功绩时，所有军士官升一级。
同年12月底，京畿应天府皇城有内臣自京师送信来北平承宣布政使司北平府告密，让明燕武亲王得知应天府皇城兵力空虚，可图大计，便决计改变战略转攻南下。
恰好明翰林院文学博士：方孝孺，又给明惠宗提意见，要写信送去北平府交给明燕武亲王世子：朱高炽，毕竟曾与明惠宗同窗读书，再加上明燕武亲王世子与明燕武亲王二子：朱高煦，向来不合，因此打算采取离间计。
这事也被明燕武亲王二子的手下打探到了消息，还好明燕武亲王世子聪明并没有打开书信，而是第一时间送到父王手中，瞬间解除了误会。
明建文四年公元1402年正月10日，明燕武亲王率率大军绕开山东承宣布政使司济南府，改从东昌府全力南下。
4月初8日，燕军连破明左军都督府左都督：何福、明北平行都指挥使：平安，两处明军，并横过河南承宣布政使司汝宁府进入中都留守司凤阳行都督府地界。
5月初2日，朝廷辽东军又出击攻打永平府（永平卫），燕军抚宁卫指挥使则引兵过小凌河，到十八里铺击退了辽东军，论功官升一级。
就连李氏朝鲜太宗靖安君恭定郡王：李芳远，以及辽东都指挥使司境内刚刚控制了女真各部落的北方大明建州卫万户侯：爱新觉罗·孟穆特，也都纷纷前来归顺明燕武亲王，所以在解除了后顾之忧时，燕军才敢放心大胆的南下。
5月初9日，在中都留守司凤阳行都督府灵璧县之战中，由明燕亲王世子：朱高炽，率领大军从后方偷袭明军粮草，在冲入中军活捉明北平行都指挥使：平安，唯有明平燕将军：盛庸，独自率军向南在淮水南岸排列战船。
随后明燕武亲王率领的大军和朝廷明军在淮河隔江对峙，燕军中军都督府署都督同知：丘福、燕军左军都指挥使：朱能，率数百精锐向西行二十余里，悄悄渡过淮河，并对明平燕将军所部发动突袭。
在此前的灵璧之战中，已经心胆俱丧的明军，又在燕军的冲击之下一溃千里，明平燕将军仅以单骑逃走，淮河上的明军舰船尽归燕军，明燕武亲王遂率大军渡过淮河，占领盱眙县。
接着燕军中军都督府署都督同知偷偷渡过淮河，出现在明军后面，成功牵制住明军，打得他们力不能支，只得退守长江。
5月17日，燕军至扬州府首府江都县（扬州卫），结果明扬州卫指挥使：王礼，等文臣武将纷纷率众出降。
5月19日，燕军到应天府六合县占领此地逼近江浦县（江淮卫）。
5月20日，燕军已经先后攻克了中都留守司凤阳行都督府泗州（泗州卫）、扬州府（扬州卫）、淮安府（淮安卫、大河卫）等地，迫使明惠宗急忙派遣，身为明燕武亲王表姐的明庆成郡主：朱恭倩，入燕军大营内谈判。
企图割地与明燕武亲王求和，但是明燕武亲王却不准许。
因为经过这四年的拉锯战之后，明燕武亲王也分析出了形势，只要明惠宗在位一天，全国地方军队就会抵抗一天，而自己就永远都是叛王，但如果一旦攻占了应天府皇城赶走了明惠宗，那么自己就可以成为一国之君。
相信到时候也没有多少人敢反对自己？
因为大家都是抱着观望的态度，所以才让燕军能够顺利的一路南下，当时的建文朝廷中，早就已经乱作一团，很多地方将领干脆按兵不动，隔岸观火。
此时浦子口巡检使司也就成为了，朝廷在长江以北的最后一道防线，由明平燕将军：盛庸、明魏国公：徐辉祖，等人率领朝廷最后的一支精兵驻扎与此，准备做出最后的抵抗。
6月初1日，由明燕武亲王亲自指挥作战，但却因为轻敌深入，导致被朝廷明军围攻，渐渐落入下风，眼看精疲力尽就要被围困了，在关键时刻由明燕武亲王二子：朱高煦，率领的北平行都指挥使司兵马及时赶来救援。
这让明燕武亲王很是感动，当即说了一句“我儿当勉之！世子多疾。”
于是更加让明燕武亲王二子非常卖命的带兵冲锋，最终才将朝廷明军击退。
而明平燕将军则率部退守到镇江府首府丹徒县（镇江卫）高资港，之后明惠宗立即派明右军都督府署都督佥事：陈瑄，率领水师进行增援。
结果没想到的是在6月初2日，明右军都督府署都督佥事就在浦子口巡检使司向燕军投降，也许是因为自己曾在明魏国公兼中山武宁王：徐达，手下当差的原因。
因此大喜过望的明燕武亲王，当天就祭祀大江之神，次日即率军渡江。
6月初3日，当日微风飘扬，长江不波，明平燕将军所部看到原本舳舻相衔，旌旗蔽空，戈矛耀日，金鼓震动的陈都督所部水师明军，却突然亮出了燕王的旗号，众人都无不惊愕不敢动。
但很快明平燕将军就命令军队仓促列阵，却被燕武亲王：朱棣，本人亲率的精锐骑兵冲击之下迅速溃散，南岸明军几乎全军覆没，使得明平燕将军再次单骑逃脱。
而镇江府首府丹徒县（镇江卫）守军们，在看到长江之上水师舰船尽数投降燕军之后，心胆俱裂，说了一句“海舟皆已降，吾何能力也？”
6月初6日，明镇江卫指挥使：童俊，也只得开城投降，因此镇江府首府丹徒县（镇江卫）也失守了。
6月初8日，燕军驻军龙潭巡检使司，而应天府南京皇城已近在眼前。
6月11日，燕军前锋成功直逼应天府南京皇城而来，明谷宣亲王：朱橞，与明曹国公：李景隆，得知消息后被迫打开金川门投降，至此皇城彻底沦陷。
而此刻燕武亲王本打算直奔皇城奉天殿去的，但却被群臣们给拦住了，表示直接进去会遇到明惠宗建文帝：朱允炆，不如先去太庙祭祖。
于是6月13日，燕军才从金川门进入南京，而明惠宗则在皇宫奉天殿内自焚殉国？
待明燕武亲王：朱棣，进入皇宫之后，看见宫中燃起熊熊大火，宫女与宦官们四处奔跑，放眼望去整个皇宫无一人敢抵抗，而明惠宗则下落不明？
