次年明洪武十三年公元1380年正月15日，明御史台御史中丞：涂节，因与他们合谋不成，便将祸变上报明太祖：朱元璋，告发明左丞相：胡惟庸，要造反？
就连被贬为明中书省吏：商皓，也一同告发了此事。
这更加让明太祖大怒！他当即下令廷臣轮番讯问，证词之间连及明御史台左御史大夫：陈宁、明御史台御史中丞：涂节，还被大理寺与刑部写成供词呈递给明太祖。
信中写着以明左丞相：胡惟庸，为主谋，联合其党羽图谋不轨，其罪当斩。
正巧明太祖：朱元璋，也觉得左、右丞相的官职权利太大了，完全架空了皇帝位子，所以便同意斩杀，还把参与进来的同伙和党羽一并诛杀，共有3万多名官员！史称〈胡惟庸惨案〉。
后改全国十二个承宣布政使司与京师辖地直属于六部，布政使品秩改为从三品、参政为从四品。
又以大都督府权力太大了，在废丞相制度的同时，为防止军权的过分集中，也废除了大都督府，改为（中、左、右、前、后）五军都督府，分别管理京师及各地都司卫所。
五军都督府各设左、右，一名都督（正一品官职）、都督同知（从一品）、都督佥事（正二品），以中军都督府断事官为五军断事官。
不久又置五军都督府十卫参军府，设左、右参军，之后五军都督府各设左、右断事2人，提控案牍1人，为从九品。
同时明太祖还分封24个儿子为亲王爵，除了26子：朱楠，早死之外！
长子明懿文皇太子：朱标、二子明秦愍亲王：朱樉、三子明晋恭亲王：朱棡、四子明燕武亲王：朱棣、五子明周定亲王：朱橚、六子明楚昭亲王：朱桢、七子明齐恭亲王：朱榑、八子明潭文亲王：朱梓、九子明赵哀亲王：朱杞、十子明鲁荒亲王：朱檀、十一子明蜀献亲王：朱椿、十二子明湘献亲王：朱柏、十三子明代简亲王：朱桂、十四子明肃庄亲王：朱柍、十五子明辽简亲王：朱植、十六子明庆靖亲王：朱栴、十七子明宁献亲王：朱权、十八子明岷庄亲王：朱楩、十九子明谷宣亲王：朱橞、二十子明韩宪亲王：朱松、二十一子明沈简亲王：朱模、二十二子明安惠亲王：朱楹、二十三子明唐定亲王：朱桱、二十四子明郢靖亲王：朱栋、二十五子明伊历亲王：朱??，其余朱姓亲戚旁支，都封为〈郡王爵〉。
但是皇侄明靖江郡王：朱守谦，除外，他是郡王爵位却领着亲王俸禄和待遇。
这24位大明亲王都被明太祖分封在各地镇守江山，还规定〈藩王无诏不得入京！不得相见、也不准做生意，而是由朝廷供养着，〉包括亲王、郡王宗室的；世子、邸下、镇国将军、辅国将军、奉国将军、镇国中尉、辅国中尉、奉国中尉以及郡主、县主、郡君、县君、乡君。
明洪武十五年公元1382年正月明太祖命明征南将军：傅友德、明左副将军：蓝玉、明右副将军：沐英，率步骑30万去征服云南等处行中书省，此地正是北元梁亲王：孛儿只斤·巴匝刺瓦尔密，封地所在。
在明军逼近经辰州路、沅州路，直奔八番顺元等处宣慰使司都元帅府、播州宣慰使司、思州宣慰使司、新添葛蛮长官使司、乌撒乌蒙等处宣慰使司（乌撒路）、亦溪不薛宣慰使司、普定路、普安路，等地。
之后明军直逼云南等处行中书省曲靖路。
而北元梁亲王得知明军大兵压境，他立刻派遣北元司徒兼云南行省平章政事：达理麻，率领十万精兵屯驻曲靖路，以抗拒明军南下。
为了诱惑北元军队成功打败他们，明征南将军率部趁着大雾逼近白石江边，便采取了声东击西的战术，沿着江边摆开阵势，做出要强行渡江的样子，让敌将不得不集中全部精锐，来把守白石江另一边，准备迎战。
而明征南将军则暗中派遣数十人，从白石江下游偷偷渡江，进至北元军队后方鸣金击鼓摇旗呐喊，让不知所措的北元司徒闻报急撤将士抵御，却引起了江边北元军队的阵势骚动。
这时明征南将军又乘机挥师渡江，以勇猛且善游泳的兵士当作先锋，攻破北元司徒的前军，又让明右副将军率铁骑直捣敌人中军帐，导致北元军大败，活捉了北元司徒平定了曲靖路。
接着明征南将军又分遣明左副将军、明右副将军率军进入中庆路。
随后北元梁亲王得知北元司徒兵败被擒，当即便弃城逃跑，与妻子一起投滇池而死，北元云南行省右丞：观音保，只得出城投降明军，故此明征南将军仅用百余日时间就平定了八番顺元等处宣慰使司都元帅府、云南等处行中书省。
之后明太祖就让养子明右副将军：沐英，镇守此地，并改名为〈云南承宣布政使司〉又设立「云南都指挥使司」、还改八番顺元等处宣慰使司都元帅府为（贵州都指挥使司）。
还置有；云南左卫、云南右卫、云南中卫、云南前卫、云南后卫、建昌卫、临安卫，共7卫以及曲靖守御千户所、会川守御千户所。
其中会川守御千户所隶属于建昌卫，曲靖守御千户所直隶于云南都指挥使司，同时又设置有东川卫、乌撒卫、乌蒙卫、芒部卫、普安卫，这5卫最初亦隶属于云南都指挥使司。
2月11日，改曲靖守御千户所为曲靖军民指挥使司，安置于楚雄卫。
3月初2日，置（大理卫）又改曲靖军民指挥使司为卫。
10月初8日，建昌卫和会川守御千户所改隶四川都指挥使司，另外还设有；霑益守御千户所、盘江守御千户所，直隶于四川行都指挥使司，其中霑益守御千户所改为霑益卫。
在云南承宣布政使司下除了正式府州外，还设有南甸宣慰使司、干崖宣慰使司、麓川平缅宣慰使司，以及木邦军民宣慰使司、孟养军民宣慰使司、缅甸军民宣慰使司、八百大甸宣慰使司、车里宣慰使司、老挝宣尉使司。
随后朝廷改原来设立的〈拱卫司〉，也就后改称「亲军都尉府」统辖的（仪鸾司）掌管皇帝陛下的仪仗和侍卫，但明太祖为了加强维护皇权，便裁撤了亲军都尉府与仪鸾司，改置〈锦衣卫〉隶属于「镇抚司」。
这点作为皇帝侍卫宫廷的军事机构，镇抚使司锦衣卫主要职能，为〈掌直驾侍卫、巡查缉捕〉从事侦察、逮捕、审问，等活动，也有参与收集军情、策反敌将的工作。
镇抚使司锦衣卫外部任务比较多，经常出差全国，故此镇抚使司锦衣卫外出特务，皆为〈钦差〉，明代最有名的镇抚使司锦衣卫，即为（镇抚司十三太保）。
镇抚司下设有五个卫所，其统领官称为；指挥同知、指挥佥事、镇抚使、千户、百户、试百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。
而校尉和力士在执行缉盗拿奸任务时，又被称为「缇骑」，其首领称为（镇抚使司锦衣卫指挥使）由皇帝的亲信武将担任，直接听从天子陛下的调令，可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯和处死。
明洪武十六年公元1383年，琉球南山国王：承察度，遣使向大明帝国朝贡，得到了明太祖的认可。
直到明洪武十八年公元1385年，明太祖使者到达琉球南山国，亲自赐封承察度为〈大明南山郡王〉获镀金银印一枚，从此成为了大明帝国附属国。
明洪武二十年公元1387年，北元开元郡王兼太尉：扎刺儿·纳哈出，屯重兵在辽阳等处行中书省开元路，坐镇辽东路地区，不断侵扰周边地段。
导致辽东路女真各族受到袭击，使得明太祖立即命明宋国公：冯胜，为征虏大将军、明颍川侯：傅友德，为左副将军、明大将军兼永昌侯：蓝玉，为右副将军，共率师20万北征，在〈金山之役〉中取得了成功。
降服了北元开元郡王兼太尉并押回应天府内，被明太祖赐封为［海西侯］，而北元衰微后，出现了很多个割据区，这纳哈出只是其中一支。
不过他的出降也代表了，大明又降服了一支最有实力的北元割据政权，解除了前期北元对于对大明帝国的威胁，但出于严谨，此事不能代表着北元诸部都已降明。
接下来明太祖又让明大将军兼永昌侯：蓝玉，为主将去征讨下一个主要目标，乃是北元益宗乌萨哈尔可汗天元宁皇帝：孛儿只斤·脱古思帖木儿，打算扫灭漠北在此一举。
因此明太祖要求明大将军勿失时机，必须一举成功。
果然到了明洪武二十一年公元1388年4月12日，明凉国公：蓝玉，率领15万明军以及所认义子北伐，从北平行都指挥使司大宁卫一直走到全宁卫庆州，都找不到北元牙帐，瞬间就有了想班师回朝的打算。
但在关键时刻明定远侯：王弼，站了出来，主张坚持下去。
随后据夜不收探马来报，得知北元益宗的牙帐设在岭北等处行中书省济南王部捕鱼儿海，所以便抄近路兼程而进。
明凉国公命明定远侯：王弼，为前锋迅速出击，直奔北元牙帐中军大营与10万北元军队交战，并直接包围了牙帐。
待明凉国公本部明军到达之后，就一举俘虏了北元益宗次子：孛儿只斤·地保奴、北元吴亲王：孛儿只斤·朵儿只、北元代亲王：孛儿只斤·达里麻，以及嫔妃、公主、郡主，等一百二十三人、官员三千人、北元降军七万七千多、马驼牛羊十五万头以及大量印章、图书、兵器、车辆。
