3月18日，明户、工、兵，三部左侍郎：王在晋，代熊廷弼以及张尚书为〈兵部尚书兼都察院右副都御史，领辽东总镇经略〉另外又负责节制；蓟州镇、天津三卫、登州府（登州卫、莱州府（莱州卫）的海防军务，明熹宗：朱由校，特赐其蟒袍玉带和尚方宝剑。
很快新任的明兵部尚书兼都察院右副都御史领辽东总镇经略：王在晋，当时分析了一下关外的形势，说道“东事离披，一坏于清河堡、抚顺守御千户所，再坏于开原卫、铁领卫，三坏于辽阳卫、沈阳中卫，四坏于广宁卫等地，初坏为危局，再坏为败局，三坏为残局，至于四坏，乃捐弃全辽，则无局可布矣！逐步退缩之于山海卫关内，此后再无一步可退。”
此外明辽东总镇经略：王在晋，还评价道“之前毛参将收复镇江堡，擒缚叛贼佟养真，致使辽南四卫震动，人心响应，闻报之日，缙绅庆于朝，庶民庆于野，是自清河堡、抚顺守御千户所失陷以来，费千百万金钱，萃十数万兵力，不能擒其一贼。此一捷也，真为空谷之音，闻之而喜可知也。“
然而明兵部尚书：张鹤鸣，再视察辽东都指挥使司复命时，却说“自辽患以来，总镇经略死难系狱，累累匪一，今日总镇经略，难于前日之总镇经略万备矣，王总镇经略铁骨赤心，雄才远略，识见如照烛观火，肩重如迎刃理丝，但秉正不阿，人醉独醒，独臣于明初（王在晋字）两人耳～王明初不足惜，如辽事何，此今日酿辽事大祸根也，此臣不顾嫌疑，不顾仇害，为国家大计而吐肝胆于陛下之前也。”
可以说对王总镇经略推崇备至。
就连明蓟辽总督：王象乾，也上奏建议王总镇经略宣称“得广宁卫不能守也，获罪滋大，不如重关设险，护山海卫，以佑京师。”
于是明辽东总镇经略就以「抚虏、堵隘」守山海卫的方略，在《题关门形势疏》中，写道；画地筑墙，建台结寨，造营房，设公馆，分兵列燧，守望相助。
他认为高岭有乘墉之势，斗城如锅底之形，昔武侯云地势兵者之助也，不知战地而求胜者，未之有也，奴有战地，而我无守地。山海一关不过通夷贡夷之道，严远戍之防有两河为保障，何夷虏之足忧。而今且以为冲边绝塞，此岂有形之天堑，成不拔之金汤者哉。臣与同事诸臣谋之，有欲筑敌楼，先居高山、高岭者。夫敌楼孤峙，能击远不能击近，倘为贼所乘，则益助其凭高博击，而我失其所控御矣。有为再筑边城从芝麻湾起，或从八里铺起者，约长三十里，北绕山，南至海，一片石统归总括，角山及欢喜岭悉入包罗，如此关门可恃为悍蔽。
因此明兵科右给事中：周希令，建议要五百万两银子当做防御经费，而明兵科左给事中：沈应时，则建议筑起边城为山海卫的屏蔽。
双方经过商讨之后，群臣们核对估计动工需要工计费，至少为百万两银子，盖并造衙舍、筑铳台、建营房之费不计其数。
为此明辽东总镇经略还上奏称“臣尝谓必有复全辽之力量，而后可复广宁卫，必有灭奴之力量，而后可复全辽，不然启无巳之争，遗不了之局，而竭难继之供，不可不虑。”
他还发现山海卫关城内，本身就存在着重大的隐患，因此建议修重城，待重城修好以后，山海卫关城才能真正成为雄关天险，此举极具战略目光。
朝廷方面为了支持他的想法，还自发内帘黄金20万两。
当时主要是关外六城（义州卫、广宁后屯卫、广宁中屯卫、广宁左屯卫、广宁中左守御千户所、广宁中屯守御千户所）以及七十二堡皆为漠南蒙古诸部们所占据。
虽然声称是替大明帝国助守边，但是实际上则是行窥伺明军势力的举动，对此明辽东总镇经略：王在晋，与明蓟辽总督：王象乾，只会一意姑息，又请筑重关于八里铺。
不过他的主张，却遭到了明宁前兵备道佥事：袁崇焕、明兵部主事：沈棨、明兵部司务厅司务：孙元化，等将领的反对。
其中以明宁前兵备道佥事为主，要求修筑到二百里之外的宁远卫，但王总镇经略却不听从建议。
随后明宁前兵备道佥事还两次，直接将意见报告给明内阁首辅：刘一燝，但明内阁首辅因不知前线的情况，所以拿不定主意。
这时明兵部右侍郎兼詹事府少詹事：孙承宗，自请上奏要亲身前往山海卫关外勘察地形，而由于孙侍郎乃是帝师，所以明熹宗不太舍得让他离开。
但为了稳定朝中局势，还是忍痛割爱让帝师出关勘察。
3月25日，明兵部右侍郎：孙承宗，巡视边关回朝后建议出关筑守宁远卫要害，与觉华岛形成相犄角，后又面奏明熹宗，称；王总镇经略不太懂军务、不堪胜任，当自请为督师。
这让明熹宗大喜，不得不派出帝师总督军务了，便特加明兵部右侍郎：孙承宗，为〈太子太保兼辽东总镇经略〉并赐蟒袍玉带、银币，以示隆礼。
3月27日，朝廷传令贵州承宣布政使司附近各镇派遣精兵应援，并调遣了湖广都指挥使司（湖广行都指挥使司）、云南都指挥使司、广西都指挥使司，这三镇都司4万明军入贵州承宣布政使司救援。
4月11日，李氏朝鲜兵曹判书：申景禛，以吊唁李氏朝鲜平山府使：李贵，出家为尼的女儿：李礼顺，的名义前去拜访李氏朝鲜平山府使，以阐明举事之意，得到赞同。
于是李氏朝鲜平山府使之子李氏朝鲜延阳府院君：李时白、李氏朝鲜汉城府参军：李时昉、李氏朝鲜汉城府儒生：金自点、李氏朝鲜加平郡儒生：沈器远、前任李氏朝鲜兵曹佐郎：崔鸣吉，等人都相继加入到政变集团中，此后预谋效力者较多。
4月14日，明礼部尚书：孙慎行，上疏追论红丸案事件，并弹劾先帝光宗泰昌朝时期的明内阁首辅：方从哲，有包庇明鸿胪寺寺丞：李可灼，的行为？
为此明熹宗下令廷臣商议，参与议论者高达一百一十多人，纷纷声讨方阁老有罪，唯独明刑部尚书：黄克缵，以及明礼科给事中：汪庆百，等数人为其袒护。
由于事情复杂且有人求情，因此重审此案，以免冤枉忠臣，也能断了流言蜚语。
后来为了平息争论，明熹宗还特意宣布废除李可灼官职遣去戍边，而明御药房太监：崔文升，则被发配到南直隶应天府南京城皇城去打扫卫生。
但对于在府宅中修养的废臣：方从哲，却暂不作任何处理。
5月初6日，在山东承宣布政使司兖州府郓城县的白莲教教主：徐鸿儒，以及蓟州卫人士：王好贤，传播［闻香教］引得其在北直隶保定府武邑县人士：于弘志，也聚众创办棒棰会来传播闻香教，并派人联络与王好贤相联系。
就这样三方密约于天启二年8月15日，同时起事，而白莲教教主：徐鸿儒，以他事相激，打算提前在5月10日先发兵，自号［中兴福烈帝］、改元年号为〈大成兴胜元年〉，并用红巾为帜，设立官职，建立政权。
乱贼们多头缠红巾，聚众至万余人，先后攻占了山东承宣布政使司兖州府郓城县、巨野县，导致曹州与濮州以及濮州守御千户所都岌岌可危！
同时其它白莲教首领：沈智、夏仲进、张柬白、侯五、周念庵、孟先汉，等人也分别攻占了兖州府滕县与藤县守御千户所、邹县、峄县以及山东承宣布政使司济宁州通往南直隶徐州夏镇的漕运要道，并进攻兖州府济宁州与济宁卫、郯城县、沂州与沂州卫。
很快就控制了山东承宣布政使司境内运河两岸的广大地区，并阻截漕运，多次重创明军。
5月14日，以明户部左侍郎：陈大道，为首的大臣们开始带头合词，为万历朝内阁大学士：张居正，请求抚恤金，并罗列其二十项功绩。
这点被明熹宗：朱由校，看在眼里，他认为张阁老辅政十载、天下大安、功不可泯，准许官复原职，并恢复了万历朝赐的「上柱国兼文忠谥号」还予以祭葬，又追赐谥号为〈酌改〉，其房屋未变价者准给子孙奉祠居住。
5月25日，因叛贼：樊龙，占据重庆府（重庆卫）已有9个月，而重庆府地势险要三面临江，而关；佛图关、二郎关、通远门，皆留有叛军把守，所以明四川总镇巡抚：朱燮元，就督率明定国将军兼诰命夫人：秦良玉，等将领出兵前去夺取二郎关。
再由明四川总镇总兵：杜文焕，攻破佛图关，并乘胜进军重庆府。
5月27日，明四川总镇巡抚以招抚计策擒杀叛贼：樊龙，以及其子：樊友邦，与其党三十余人，遂收复重庆府。
同时明云南总镇巡抚：沈儆炌，启用明松潘卫副总兵：袁善、明大理卫左参将：李思忠，分剿贼军，在以明临安卫守备：金为贵、明安南长官使：沙源，等将领为前锋，大破云南承宣布政使司境内的叛贼。
但因上传捷报时，反据阉党得罪了明司礼监掌印太监：魏忠贤，故此被调任为〈兵部右侍郎〉，改由明都察院福建道监察御史：闵洪学，继任「云南总镇巡抚」。
6月10日，新任的明贵州总镇巡抚：王三善，率军1万人进驻平越军民府（平越军民卫）等待各地援军。
7月12日，贵州宣慰使司都司府贵阳府彻底被围，贵州卫与贵州前卫驻军溃败！明军四处发布告急文书。
很快明清浪卫副总兵：徐时逢、明平溪卫左参将：范仲仁，就率兵前来救援，与水西叛贼首领：安邦彦，相持于新添卫瓮城河中。
