而明备倭总兵：麻贵，为了拖住倭军北上的攻势，为明军动员争取时间，特此决定伏击倭军，还命明备倭副总兵：解生，等将领率军2600人奔赴忠清左道稷山县北部，巩固京畿右道汉城府王京的前沿阵地。
9月17日，明都察院右佥都御史兼朝鲜经略：杨镐，下令让明军设伏于稷山县附近，恰好与幕府第三军甲斐守：黑田长政，发生了遭遇战，倭军先头部队被击溃。
又遇到明军的后续部队明神武中卫游击将军：杨登山，率军赶到彻底击败了倭军。
后因幕府第八军右军大将：毛利秀元，也赶到并一同打击明军从容撤退，迫使幕府第三军甲斐守成功的占领了稷山县，但却依旧未能北上京畿右道汉城府。
此战为明军以少胜多的战例，史称（稷山大捷）虽然倭军最终占领了稷山县城，但倭军却慑于明军的野战能力，未敢前进。
因此也就永远的丧失了战争主动权，这对明、幕，双方战略意义重大。
不久，倭军全线撤退至庆尚左道庆州府釜山浦地区，而明军阻滞倭军攻势，为大明帝国增兵李氏朝鲜王国赢得了时间，战略目的完美实现。
是役明军伤亡两百余人，倭军伤亡六百余人。
随后明蓟辽总督：邢玠，还派明广东都指挥佥事：陈璘，在忠清左道青山县夹击斩杀倭军5千人获得小胜，史称〈青山大捷〉。
但倭军却闭城不出坚守待援，被明军围困十日却不能克！倭军则以诈降为缓兵之计拖住明军。
9月21日，青海蒙古部土默特首领：孛儿只斤·清永，等部首领又继续入侵大明帝国陕西行都指挥使司西宁卫边境，被明延绥总镇总兵：达云，与诸将分兵抵御，先后斩首蒙军一百七十多人。
另一边前任明播州宣慰使：杨应龙，又继续攻占了四川承宣布政使司重庆府江津县、南川县、泸州合江县，贵州承宣布政使司铜仁府洪头屯、高平屯、新村屯，以及侵略湖广承宣布政使司保靖州宣慰使司、辰州府，总共48屯地区，惹得地方官府震惊，朝廷震怒。
10月17日，明神宗：朱翊钧，授封安南黎世宗：黎惟潭，为（大明安南都统使）使得安南政权又从莫氏转入黎氏。
另外明建州左卫军民指挥使：佟·努尔哈赤（爱新觉罗·努尔哈赤）还与叶赫女真部西城贝勒：纳拉·布杨古、叶赫女真部东城贝勒：纳拉·金台吉，联姻椎牛刑马为盟，逐步孤立了哈达女真部和辉发女真部。
为了隐瞒朝廷自己势力扩大的消息，明建州左卫军民指挥使决定第四次入京城，前去朝贡大明帝国。
而这次明建州左卫军民镇抚使：爱新觉罗·舒尔哈齐，也一起前来，这是他第二次入京朝贡，也更加助长了他的野心。
在到达京城之后，两人都受到了朝廷隆重接待，并赏赐了许多的金银绸缎，其中明建州左卫军民指挥使在得知朝廷又一次发兵抗倭时，明建州左卫军民指挥使大义凛然地再次提出，要发兵支援。
但这次依旧被明神宗，给好言相劝拒绝了，不过看在他的忠心份上，以及镇守辽东都指挥使司女真各部也需要兵力，便赐封他为「龙虎将军」并赏〈尚方宝剑〉。
而朝中官员们有些担心建州左卫军民指挥使司做大？又加上建州右卫军民指挥使司与建州卫军民指挥使司暂无人管理！
于是明神宗为了制约明建州左卫军民指挥使，便授封明建州左卫军民镇抚使为「建州右卫军民指挥使」来做为一种战略对策，也算是尽力拉拢和收买效忠于大明帝国之人。
此事被明建州左卫军民指挥使看在眼里、恨在心里，两者间的矛盾瞬间激化。
不过明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，却是非常的感激大明帝国恩宠，他决定誓死捍卫大明帝国，除了积极与大明发展密切关系之外，他还通过联姻把二女儿：爱新觉罗·额恩哲，嫁给明宁远伯：李成梁，次子明东征右副总兵：李如柏，为妾加强联系。
并且利用姻亲关系，与其它女真部落炫耀，用来扩大他个人的实力。
10月11日，明备倭总兵：麻贵，以明御倭总兵：李如梅，率领数千人攻向庆尚右道星州牧固城县，此处由幕府从四位下筑后守：小早川秀包、幕府筑后三池：筑紫广门，负责死守城池。
但由于明军猛烈攻势，再加上探哨来报援军到达，之后两人商议决定趁夜突围去迎接幕府冈山藩左卫门督：小早川秀秋，而派出去的援军幕府从五位下玄藩头：山口正弘、幕府兵库头：南部无右卫门，汇合后转守为攻，重创明军。
使得明御倭总兵遂下令退去，因此被革职查办。
同时攻打忠清左道青山县的幕府第八军右军大将兼长府藩藩主：毛利秀元，等倭将则被明沈阳中卫左参将：彭友德、明沈阳中卫镇抚使：柴登科，率领的明、朝联军重兵包围，死伤惨重。
怎奈关键时刻从庆尚左道蔚山都护府出来了的，幕府从五位下左京大夫：浅野幸长、幕府河内守：宍户元续、幕府丰后国藩主：太田一吉，等倭军将领们接应，并掩护他们撤退。
10月26日，幕府倭军水师第一军伊势津藩主：藤堂高虎，则率领133余艘战船出发，欲趁涨潮时攻进鸣梁海峡，全歼李氏朝鲜水师。
结果李氏朝鲜三道水军统制使：李舜臣，首先将海峡内的民用船只侨装成战舰，以此来扰乱倭军，使其以为李氏朝鲜水师船队已经恢复过来。
他自己则亲率14艘战船引敌深入鸣梁海峡，在成功引诱倭军进攻后，李氏朝鲜三道水军统制使随即便发起了集中的攻击，对准倭军指挥舰攻去，结果歼灭了倭军指挥舰和其他战船2艘，并击毙幕府第四军水师河野家督大名：来岛通总。
同时间潮水开始退却，李氏朝鲜船只趁势进攻，倭军船只却因失去主帅，军心涣散，只得顺潮向东撤退。
但却遇上了李氏朝鲜三道水军统制使事先埋下的铁索和木桩，使其无法退却。
结果李氏朝鲜水师全力拼杀，击毙倭军十数人，还击杀了三岛水军的大将幕府风早郡领主：得居通年，并挫败倭军水师力量，史称「鸣梁海战」。
12月初1日，援朝明军继续追击倭军至庆尚左道蔚山都护府，各路明军接连获胜，倭军节节败退。
明万历二十六年公元1598年正月23日，明军开始攻打蔚山都护府，以明宣武卫游击将军：茅国器，率领的南军作为先锋，展开凌厉的攻势，并迅速突破了蔚山都护府城门，把幕府第一军左副将兼主计头：加藤清正，率领的军队围困在岛山城。
然而明都察院右佥都御史兼朝鲜经略：杨镐，却徇私将马上就要突入岛山城的南军部队，给换成辽东军前去攻城。
结果失败，丧失了最佳战机！
此时又因幕府第八军正三位参议：毛利秀元、幕府第三军甲裴守：黑田长政，等倭军的援兵突然赶至，让明军们大为震惊。
恰逢天又下起了大雨，明军火器无法使用，瞬间解了幕府第一军左副将部队之危难。
这时候明朝鲜经略又指挥失误，下令仓促撤军，策马率先赶奔京畿右道汉城府，使得明备倭总兵：麻贵，继而赶之。
一时间大部分明军皆溃败。
导致让明军被倭军反击，遭受了极其惨重的损失，倭军方面守城所用兵力一万三千人，战后所余一万人，减员在三千人，推算死者应当超过千人。
只有驻守在忠清左道忠州牧的明海防副总兵：吴惟忠，与驻守在庆尚右道星州牧的明宣武卫游击将军：茅国器，两人负责断后，倭军在解围后暂退以保住胜果。
此事明朝鲜经略：杨镐，与明蓟辽总督：邢玠，却向大明朝廷谎报前线大捷。
但当时明军各营将领却欲向朝廷上报，士卒死伤二千的事，这使得明朝鲜经略大怒，按而不报，只称死伤百余人。
这事却被明兵部主事：丁应泰，得知战败后，亲至明朝鲜经略军帐处商议应对计策，但一向得意的明朝鲜经略竟然出示明吏部尚书兼武英殿大学士：张位、明东阁大学士：沈一贯，的手书扬扬自得。
也让明兵部主事愤而向朝廷上报战败事实。
随后明内阁首辅：赵志皋，得知消息后，欲保杨经略，决定暂时不逮捕他，但亦遣官查察。
2月初6日，明蓟辽总督招募了浙江都指挥使司水师，并以海路运兵以作持久之计。
3月15日，大明帝国西部战线上，明西宁卫总兵：刘敏宽、明兵部右给事中：梁云龙、明延绥总镇总兵：达云、明西宁卫指挥同知：龙应坚，等将领集合兵力一万多人，攻克了祁连一线的咽喉。
而漠南蒙古土默特部落则在西北的聚集地大小松山堡筑城，由漠南蒙古鞑靼阿赤兔部驻扎在此，时常入侵陕西行都指挥使司凉州卫与庄浪卫。
3月20日，漠南蒙古永谢布部台吉：孛儿只斤·永邵卜，也集结兵力再次侵扰西宁卫，导致明西宁卫右参将：赵希云，等将领阵亡！
于是朝廷下令攻克大小松山堡，由明陕西三边总督：李汶、明延绥总镇总兵：达云、明甘肃总镇巡抚：田乐，等将领率军出击。
先克镇番卫昌宁堡的漠南蒙古永谢布部万户：孛儿只斤·青把都儿，后破漠南蒙古永谢布部台吉：孛儿只斤·永邵卜，在出奇兵分三路进剿，明军一路从古浪守御千户所泗水屯堡出兵直捣庄浪卫扒沙屯。
另一路从黄羊川屯出兵猛击鱼沟屯，又攻其腹背的漠南蒙古河套部，又一路直攻黑马圈河，共斩杀漠南蒙古永谢布部七百一十四人，还俘获黄金榜什等头目以及五百多人。
致使漠南蒙古鞑靼阿赤兔部溃逃。
