杨逍与杨不悔相认后变成了明教代教主，为帮纪晓芙报仇，几年来和峨嵋派纷争不断，最后直接导致六大门派围攻光明顶。
围攻光明顶的六大门派分别为少林派，峨嵋派，武当派，华山派，昆仑派，崆峒派。
张无忌由于种种原因和杨不悔相认，因缘际会在小昭的引导下学会了乾坤大挪移，从密室出去之后帮明教解了围，名动天下，还和武当众人，以及自己的外公，曾经的明教护教法王相认。
六大门派回归途中被元兵用计抓走，关入了万安寺中，用十香软筋散将各派人士内力封住，汝阳王之女赵敏郡主与各大门派名为切磋实则偷学武功。
另一边张无忌虽然帮助明教退了六大门派，奈何众人身受重伤，平时不起眼的小门小派便想趁机占领光明顶，瓜分明教，张无忌为救明教众人便被明教众人联合推上了教主之位，明教众人退入密道疗伤，张无忌趁机亮出了魔界太子身份，赶跑了青翼蝠王体内的蝙蝠精，顺便治好了他的病。
众人疗好伤之后赶跑了那些小门小派后，张无忌便开始了旅行，路上遇见了身受重伤的殷梨亭后，先上少林寺发现了赵敏消灭中原武林，嫁祸明教的阴谋，先是率领明教众人救了武当派，为了救三师伯，六师叔与赵敏三击掌，答应帮赵敏做三件事。
此事过后上大都救下了被赵敏关押的六大门派，让六大门派欠下张无忌和明教人情，除了灭绝师太外其余人均获救，灭绝师太离世后周芷若成为峨眉派掌门人，还被灭绝师太逼着发了毒誓。
此后众人离开大都，张无忌和赵敏又跟着金花婆婆，周芷若等人去了灵蛇岛（此时金毛狮王谢逊已经被金花婆婆忽悠到了灵蛇岛，至于具体原因电视剧《倚天屠龙记》已说明，这里就不细说了，这只是众人历劫时的一个小情节，不能偏离主要情节）。
杨不悔对殷梨亭因怜生爱，而四个爱着张无忌的女子都到了灵蛇岛上，一个是贴身丫鬟小昭，一个是周芷若，一个是赵敏，一个是殷离。
由于种种原因小昭和金花婆婆母女相认后，小昭为了救众人成为了波斯明教总教主，周芷若和张无忌在谢逊的要求下订了亲，赵敏被周芷若设计离开灵蛇岛，殷离假死躲过一劫。
回到中土之后谢逊落入了少林寺，周芷若被抓去了丐帮，被逼着和宋青书成亲，后被张无忌和朱元璋，赵敏联合救出。周芷若后张无忌大婚时被赵敏搅乱。
赵敏和张无忌联合救出光明右使范瑶之后，顺手杀了七王爷之子扎牙笃。
少林寺举办屠狮大会，众人齐聚少林，此时赵敏已和汝阳王断绝父女关系，武林群豪大比拼，宋青书惨死，周芷若以九阴白骨爪赢了比赛，最后和三僧对决时周芷若趁三僧和张无忌打的难舍难分之时想要杀了谢逊泄愤。
幸亏黄衫女及时出现大退了周芷若，加上张无忌对少林寺和其他各门各派有恩，最后由谢逊自己决定何去何从，最后谢逊留在了少林派，屠龙刀也留在了少林，倚天剑回归了峨眉。
张无忌辞去明教教主职位，和敏敏（赵敏）去了冰火岛，从此远离世俗纷扰，殷离回到了殷野王和白眉鹰王身边，这一家人也隐居了起来。
杨逍范瑶离开明教，最后明教由朱元璋率领打的元兵节节败退，元朝灭亡，朱元璋建立明朝，千年之赌第五世圆满结束。
