二人抱在一起良久才放手，莉莉艾红着脸不好意思的说：“太基金会彻底被火箭队占领，我……”
小智拉着莉莉艾就向着太基金会方向走去，莉莉艾红着脸跟着他走。
这时在以太乐园的太基金会基地内一位蓝色短发，穿着火箭队白色制服，五官精致的青年向视频中坐着轮椅的板木讲道：“我们已经彻底拿下太基金会，在扎奥博博士与太尔康博士的研究下已经开发了进究极之洞的装置，再加上太基金会的究极球，一定能抓到索尔加雷欧与露奈雅拉，完成火箭队统一世界的计划。
板木露出邪魅的笑容，撸着猫老大说道：“好，阿波罗，你果然没有让我失望过，这次如果你干的好，你就是十二将军之首。”
“谢谢首领的栽培， 古兹马大人率领的骷髅与阿罗拉联盟正式开战了，应该拖不了多久，我会尽快行动，请首领恭候我的佳音。”
板木大声笑了出来说道：“去吧！”
随着视频通话关了，阿波罗，对手下做出了个开始的手势，就走向太基金会的研发中心，在研发中心，开始集合人马，火箭队伍迅速集合。
而小智和莉莉艾千辛万苦才来到以太乐园大门外。
小智看到火箭队巡逻的人就觉得头疼，很小声的问莉莉艾这里有没有其他的出口可以进太基金会的。
莉莉艾：“有在以太乐园的后面，那里有一个秘密通道可以通往太基金会的研发中心。”
小智害怕暴露便问道：“那个秘密通道有几个人知道？”
莉莉艾：只有我和哥哥知道，只是哥哥是联盟的天王，没时间回来陪我，所以才打造的那个秘密通道，能让我出去玩，我也是因为那个秘密通道才跑出来的。”
小智急切的问道：“你是从秘密通道里被发现的还是其他地方。”
莉莉艾看着小智这个表情害怕的说道：“我从秘密通道逃出来后，去偷船才被看到的。”
这时小智也松了一口气，莉莉艾趁着夜色带的小智来到了以太乐园后面。
莉莉艾走到一堵墙旁边，敲了敲墙，这时旁边的石头上出现个洞，莉莉艾要小智跳进去，小智也丝毫没有犹豫跳了下去后面莉莉艾跟上。
整个密道是由滑梯组成，爬出去比较困难，而进来特别容易。
小智和莉莉艾两人随着滑梯左转右转，终于滑了下来，因为没有控制住小智屁股着地，那种酸爽，只有当场体验过的人才知道，莉莉艾滑下来摔在了小智的身上，这时的如同快咽气的老人一般。
莉莉艾挠了挠头发，看到小智这样后马上扶起了他。
小智迅速恢复正常，二人在旁边偷偷的四处观望周围的情况。
这时太尔康博士启动仪器，仪器上空间扭动，形成了一个巨大洞穴。
阿波罗带的人走了进去，小智和莉莉艾跑了进去，再跑的过程中，被人发现了，太尔康按上的关闭按钮的小智和莉莉艾还是跑了进去。
太尔康大声训斥道：“你们这群废物，连两个小孩子都抓不到，都是干什么吃的，这件事情不能让阿波罗大人知道，如果阿波罗大人问有没有人进来？大家都应该知道说什么吧？都不用我提醒吧。
一个小喽喽说道：“太尔康大人放心我们没有看到任何人进来。”
众人起哄道：“对，对，对我们没有看到任何人进来。
太尔康才放心的继续做自己的研究。
而在美乐美乐岛上的大战一触即发，古兹马带着骷髅队杀向了阿罗拉联盟的总部。
库库伊和阿罗拉的四大天王气得牙痒痒。
库库伊在旁大声说道：“他们出来找死的吗？平时都不出来，就敢这么干，一波把他们端了”。
格拉吉欧愤怒的说道：“就由我待就把他干了吧？”
事后众人表决一致通过，把骷髅队灭杀在这。
有库库伊下达作案方案，格拉吉欧带领联盟的训练师发起正面攻，有马睿因与丽资分别带领美乐美岛的警察，从左右包叉迂回，最后由阿塞梦拉堵住骷髅队的后路，而骷髅队的首领古兹马交给他库库伊。
安排好后，众人开始了作战准备。
格拉吉欧带领着联盟的训练师向发起了正面进攻。
这是骷髅队直接被打蒙了，他们虽然是打掩护的，但是没有想到阿罗拉联盟是想灭了他们。
古兹马也管不了那么多了，命令手下马上发起进攻，两方带走神奇宝贝，互殴在一起，你一下，我一下，战况非常激烈，四周大小岩石都被打碎了，地面也被打成了坑坑洼洼，树木被打成了一截一截。
“超音蝠使用咬咬，卡比狗喷射火焰，拉达恶波动，穿山王暴风雪……”
战斗非常激烈，格拉吉欧：“银伴战兽使用崩裂瓜，古兹马具甲武者使用近身战，当银伴战兽扑过来时，近身战挺好的打动了它，看着银伴战兽被打飞的场面令格拉吉欧愤怒不已。”
“银伴战兽使用地震，古兹马笑了笑，具甲武者使用冲浪，一边是地震的晃动，一边巨浪带来的冲击感，令双方都伤的不轻。”
古兹马在这一刻彻底笑不出来，具甲武者被这招打在地面上跪着起不来了，看到这一幕的他，用力拍了一下脸，随着感觉脸上有剧烈的疼痛感，不相信这一切的他，也不由得往后退了再退。
银伴战兽发出强烈的吼叫，古兹马收回具甲武者，大声说道：“兄弟们，撑不住了，快逃。”
骷髅队的小喽喽们，听到老大叔打不过快逃都懵了，明明兄弟们能打过这些训练师，我们为什么要逃？
古兹马看到这样的情景，捂着脸，总不能告诉他们，自己打不过，所以才叫他们逃的吧，眼睛转了转，很严肃的说道：“兄弟们，他们只是正面部队，我们被包围了，趁我们现在还没在包围圈内，所以我们快逃。”
格拉吉欧听到古兹马说这些脸上露出了紧张的汗水，心想着明明就差一点，不能让他们跑了，左手捂住了脸嘲讽的笑道：“古兹马你打不过我就想跑路，找个合适的借口行不行？用这样的借口来演示你的菜吗？我真的是搞不懂，你是以怎样的实力加入火箭队的，还成了阿罗拉分部的骷髅队的首领的。”
听到这些下面的小喽喽都看上了自己的老大，古兹马看着格拉吉欧暴露出了自己的真实想法，眼神里露出杀意。
小喽喽们都为自己的老大喊加油，嘴里还说着“老大干暴格拉吉欧，叫他平时带队欺负我们，上呀。”
古兹马背上冒满了虚汗，脸上的表情就像吃了奥利给一样，双脚不停的发抖，恨不得现在就钻到地下去，嘴里还念着“不听不听王八念经。”
格拉吉欧一步步的逼近，这时阿罗拉联盟包围的人也也都来齐了，直接把骷髅队死死的围住了。
这时的古兹马带着小弟们，看到这个情况，集体失去战斗能力，把火箭队的计划原动不动的告诉了他们，只求他们放过自己和兄弟们。
库库伊摆了摆手说道：“来到这里，就喝一口茶再走，走了这么急难道告诉我们这消息是假的。”
古兹马就这样带领的小弟们去联盟吃牢饭了。
此时在究极之洞的阿波罗并不知道古兹马大人出卖了他们，阿罗拉联盟以冠军为首的训练师们，开始了这次救援和围剿计划。
阿波罗看着究极之洞内环境非常恶劣没有光的星球一样，四处荒凉无比，黑暗的大地上透露着杀机，在这山脉中有一股力量好像镇压着这一切，而那一股力量阿波罗又说不上来，反正感觉很怪，又好像有无数双眼睛看着自己。
随着带人越走越深，直到走到一个裂缝旁暗道裂缝中插出的黑色水晶，才停止下来。
小智拉着莉莉艾非常熟悉的走到的旁边躲了起来。
这时天空中冒出究极之洞，索尔加雷欧和露奈雅拉同时出来，旁边也围过来了，毒贝比群，四颚针龙与索尔加雷殴，露奈雅拉，同时向火箭队发起攻击。
此时阿波罗被打蒙，不到两个回合，存活下来的人，不是原来的1/3，阿波罗心里想着这就是传说神奇宝贝的力量吗？可惜呀我是有备而来。
阿波罗给出了个手势，火箭队的剩余成员马上明白了，从口袋里掏出了黑色的球。
黑色的球向天一扔，变成了巨大的电网，彻底的困住了索尔加雷欧和露奈雅拉，阿波罗带领的人用神奇宝贝使用的技能像他们两个轰去。
随着时间的拖长，索尔加雷欧和露奈雅拉渐渐不行，四颚针龙带领的毒贝比群集体使用毒针向火箭队射过去。
一瞬间成千上万根毒针向火箭队射过去，此时的阿波罗还在高兴中，没有想到还没高兴三秒钟，就被偷袭了。
这一次的偷袭令火箭队损失极大，阿波罗带着队员向出口逃跑，可没有想到，一只毒贝比用毒针中了自己的小弟弟，这一针所带来的痛感，令他终身难忘，为了自己能活命，忍了忍了痛向前逃跑。
小智也看准了时机对莉莉艾说道“别动，在这里等我”。自己跑到火箭队之前遭遇袭击的地方，拿到了一箱子的究极球，可是太重了，自己搬不动，也只好拿六个球就跑到索尔加雷欧与露奈雅拉的面前，趁着它们虚弱使用究极球 ，把它们两个硬生生的收服了。
小智看向裂缝中的水晶，心里想到了一个可怕计划。
皮卡丘对裂缝中的黑色水晶使用打雷。
皮卡丘聚集着身上的电向黑色水晶劈过去，听到轰的一声，黑色水晶只是破了个大口，小智继续要皮卡丘使用打雷，一道道黄色雷电劈向黑色水晶，要把水晶劈碎，从裂缝中飞出一道黑色身影。
小智看到那蓝色的晶体材料构成。它巨大的双手末端各长着三根爪子，手背突出一根白色渐变至蓝色的三棱台状晶体，手臂是细长的四棱柱，手肘上有一对向前弯折的钩状晶体。它双腿细小，小腿尤甚，足部是比腿部稍大的四棱柱，各有三根向前弯折的脚趾。它的身体左右两侧前方带有锯齿边缘，双肩各有两个向上突起的三棱锥，手臂就连接在两个棱锥的夹缝中。背部是双肩棱锥的延伸，连接着下方的V字形晶体，这块晶体为两个四棱锥拼接，根部延伸至奈克洛兹玛的前面，向前突出。它的胸部向前突起，包裹头部的三棱柱状脑核棱镜。它还拥有巨大的四棱锥尾巴，尖端缺半角，覆盖脑核上部，与脑核呈直角，上方的棱线突出三个四棱锥尖刺。在吸收光的时候，尾巴末端深灰色的八芒星符号就会发光。它的脑核仅在尾巴和身体夹缝处露出一部分，看起来就像它的脸，脑核里的彩色物质在露出的角度看来就像眼睛和牙齿一样。尽管奈克洛兹玛的身体是漆黑的，它却能像棱镜一样折射光线的神奇宝贝，脸上露出了笑容，心里想着这回走大运了，没想到是闪光形态的。
“皮卡丘使用十万伏特，一到强大的电流向奈克洛兹玛袭击过去，奈克洛兹玛被这一道电击打到悬崖峭壁上。”
奈克洛兹玛双手用力扯出了自己，眼睛死死的盯着小督和皮卡丘。
小智笑了笑，奈克洛兹玛使用破坏死光向小智和皮卡丘袭击过，小智和皮卡丘向后面小跑躲开了破坏死光。
“皮卡丘该我们回礼了，皮卡丘和小智转过头，停了下来，使用打雷，从皮卡丘身上再发出强烈的电流向奈克洛兹玛直线冲过去，奈克洛兹玛因为刚刚出来没有恢复力量没有躲开再次被打到了悬崖峭壁上，紧随着几次一模一样的攻击。
奈克洛兹玛直接倒在了小智的面前，小智再丢出究极球收服了它，一旁的莉莉艾用手捂住嘴巴，眼睛死死的盯着小智，她从来就没有想到过有人会说服传说中的神兽， 还是当着她自己的面前。
这时四颚针龙死死的看着小智，小智卧能摸口袋的精灵球，这时他感觉不对劲，一般联盟注册的训练师只能带六个精灵，而自己好像不止六个了，居然一个都没被传走，难道是因为自己还小？没有注册，所以这些精灵球并没有被传到大木博士那里，想到这些的小智，好像发现了新大陆，但是又想了想还是算了吧，毕竟自己还有成为神奇宝贝大师的梦想，只好放弃了。
小智转过身看到了前面的是四颚针龙，小智明白它的想法，并用波导之力把自己看到前一世场景波导的方式，投放在四颚针龙灵魂中，四颚针龙在瞬间看到了，世界毁灭……的样子。
它也用心灵感应说道：“孩子你想改变未来，可以你明白，你承受的是什么吗？”
小智点了点所以我需要光辉大神的力量，请不要阻止我，我有办法让它恢复。
四颚针龙倒可以恢复光辉大神，便放下了攻击小智的举动，还叫毒贝比群围着小智，保护好他，它也来到了小智的旁边。
小智走向莉莉艾，莉莉艾用自己的大眼睛盯着小智，眼里充满了崇拜。
小智不好意思问莉莉艾有没有Z手环，莉莉艾从手中拿出了两个Z手环还说道：“这是爸爸走给我的，我送你一个吧。”
小智点了点头，拿到向大在了右手上，又召唤出了索尔加雷欧，露奈雅拉，奈克洛兹玛。
用波导之力把自己看到的前世的记忆，分给了它们三个，并沉重的向它们发出邀请，让它们帮助自己改变世界。
索尔加雷欧，露奈雅拉表示同意，奈克洛兹玛现在还在昏迷中。
小智找它们要到了他们专属的Z晶石，小智把露奈雅拉的Z晶石给了莉莉艾，两个人同时使用Z招式，把力量传给奈克洛兹玛，随着力量的传入，奈克诺索玛身上也发出了变化。
随着一道光芒消散奈克洛兹玛各部位分离并且散发出大量白金的光芒，分离的部位被光芒联系为一个整体，外形就像一只光辉耀眼的龙。原本的双手悬在身体下方，由粗壮的光芒连接，变为双足；原本的手肘移动至手臂肢端，整条手臂悬在身体中下部两侧，向下散发光芒，变为第二对翅；原本的腿部与足部悬在身体中上部两侧，腿部伸直，脚趾移动至足部最末成为爪子，整个变为第一对翅，也向下散发着光芒；原本的肩部变为下颚，锯齿状即是牙齿，与原本的背部一同组成头部，悬于身体上方，连接手臂的孔洞成为眼眶，嘴角还聚集了向斜下方发散的两束激光；头部后方，原本尾巴的八芒星分离接在脑后，散发着十字星的光芒，光芒向下穿过下颚，变为脖子与身体连接；原本的尾巴上半部分展开，覆盖在胸前，向后方散发的光芒组成了它的身体，原本向上的三枚尖刺刺向前方；究极奈克洛兹玛还有条完全由光芒组成的长尾巴，尾上有多个向上突起的光之尾棘。由于究极爆发，它原本的脑核已经消失，彩色物质飘散到眼眶之中，形成眼睛，向两侧斜上方发出翅膀状的光芒。
白金色光辉大神站在小智的面前说道：“孩子去吧！我们三个会做你最坚强的后盾，希望你能改变未来的结果。”
“小智又准备说出什么的时候，被光辉大神打断，紧随着光辉大神身上发出光芒，照射在那三个究极球上，究极球开始缩小，形成了两个项链，还说道：“这项链可以多放六只神奇宝贝，我恐怕无法跟着你，因为这个世界需要我，我只在你最危险的时候，去帮助你，索尔加雷欧与露奈雅拉，可以跟随在你身边，你还有什么问题？没有问题，我送你们离开吧。
这时莉莉艾急忙向光辉大神问道：“她父亲在那里”并把来龙去脉告诉了它。
光辉大神随着光芒照耀了整个究极世界后便把光收了回来，在莉莉艾与小智面前岀现会镜子一般的东西，上面播放着莉莉艾的父亲穿越过来，被虚吾伊德所救，不过现在失忆，往在一个冰天雪地的地方，后面就没有播放任何东西，莉莉艾又想问什么时被光辉大神打住。
光辉大神：我只知道这些，不过我能预感到，你们父女会有重建的一天，不过要想再次见面，恐怕还要我的训练师帮助，不过不是现在。
听到这些后莉莉艾也明白的看向了小智，小智笑的说道：“放心吧，我一定会帮助你的，毕竟他可能是自己未来的老丈人，不过最后一句他没说出来。
小智点了点头，光辉大神挥了挥手，究极之洞就出现小智和莉莉艾的面前，小智拉着莉莉艾走向究极之洞时对四颚针龙用心灵感应叫住了，小智和莉莉艾回头看向四颚针龙。
四颚针龙让小智带走在它旁边的毒贝比，小智一眼看出来那只毒贝比就是他以后遇到的那只，小智忍住泪水，说服了它。
光辉大神看向莉莉艾把索尔加雷欧与露奈雅拉的蛋交给了她，并嘱咐，好好的照顾它。
莉莉艾兴奋的点了点头。
他们走了出来，小智看到熟悉的建筑，就知道这里是日轮祭坛。
小智带的莉莉艾看了这里，回到了以太乐园。
而此时的以太乐园内火箭队被抓的抓，跑的跑，这时的阿波罗回到这里，就再次逃跑，今天的脸色已经丢够了。
格拉吉欧开始次四处寻找他的母亲和妹妹，在绝望的侵袭下，打开了最后的研究室的门只看见看到自己的母亲被捆绑在地上。
他马上就了他母亲问道：“莉莉艾了，去哪里了？”
露莎米奈摇了摇头，格拉吉欧知道后，瘫坐在地上，心里恨不得撕碎整个火箭队。
小智把莉莉艾大门外，对莉莉艾说道：“我就不进去了，这个项链就给你了。”
说完后帮莉莉艾带上，莉莉艾看着小智离开，冲上去抱住了小智哭着说道：“不要忘记答应我的事情，还要保护好自己，保重了小智哥哥。”
这一刻莉莉艾的心彻底破防了，只要这时候小智肯回头说一句我喜欢你，莉莉艾一定会……
接下来几天小智横扫阿罗拉霸主，在挑战卡璞鸣鸣获得了皮卡丘Z后回到了真新镇开始了特训。
紧随着小赤参加了布拉塔诺和卡露乃的结婚而告终了。
