正德四年（1785），噶玛噶举红帽系第十世活佛确朱嘉措外逃到廓尔喀（尼泊尔），并挑唆廓尔喀国王发兵西藏。
正德六年（1787），尼锡战争爆发，廓尔喀军入侵锡金，攻占锡金首都拉达孜，锡金国王逃亡西藏避难。
1788年，正德七年。
六月，尼泊尔廓尔喀王朝入侵西藏，廓尔喀之役打响。
素尔巴尔达布率廓尔喀兵3000人，先后占领西藏南部边境之聂拉木、济咙宗、宗喀宗等地，围攻协噶尔宗。
七月，明军反击。
朱厚照命西藏都统使率包括达木游牧卫所在内的驻藏卫所兵，前往札什伦布慰问班禅，并与班禅之兄仲巴呼图克图部署沿边防御。
同时，从青海、四川抽调包括羁糜所兵在内的卫所兵，经由打箭炉、巴塘、里塘、察木多，驰援西藏。
为保证作战军队粮草，暂拨达赖、班禅库存，并于藏内买粮。
但是，当明军日夜兼程，奔赴藏廓边境之时，达赖喇嘛、仲巴呼图克图、噶伦班第达和西藏都统使等，已私下同廓尔喀议和。
正德八年（1789）初，藏廓签定协议，由西藏噶伦每年向廓尔喀交纳元宝300锭，作为聂拉木、济咙宗、宗喀宗三地的赎金，廓尔喀退兵。
此事，西藏都统使等隐瞒不报，只在廓尔喀退兵后，没有遭遇任何抵抗的“收复”失地。
明军此次出兵，虽未交战，却已耗费军饷百余万两白银。
正德九年（1790），廓尔喀遣使来到拉萨，依照去年的约定，索要赎地银两，西藏地方拒绝给付，廓尔喀决定再次入侵西藏。
1791年，正德十年。
八月三日，廓军攻占定日、济咙。
八月十六日，廓军攻陷萨迦。
八月二十一日，廓军攻入札什伦布寺，将金银佛像、供器、贮藏及灵塔镶嵌之珍珠珊瑚宝石等物尽数掠去。册封六世班禅的金册也被盗走。
九月初，廓军进攻日喀则卫城。
当地卫所兵依城坚守，击毙廓军将士数十人。廓军围攻八昼夜后，仍不能破城，遂携所掠财宝退往边境。
同年，朱厚照以西藏边关多事为由，下旨“特命总督军务威武大将军总兵官朱寿率六军往征”。
这里的“朱寿”，就是朱厚照给自己起的名字。
大臣们纷纷上奏坚决谏阻，但终究阻拦不住他的出巡。
不久，朱厚照又加封朱寿为镇国公，挂征西将军印，任西藏都统使，驻扎西藏，并在拉萨建镇国府，还要求吏、户二部给自己发俸禄。
十月，朱厚照以朱寿的名义，带领包括黑水索伦兵、广西狼兵在内，从全国各地抽调的精锐，离京入藏。
在原本的历史上，朱厚照就通晓藏语，也学藏传佛教，精通佛教经典和梵语，能亲自披僧衣与藏僧诵经演法。
在这个时空，他亲自进入西藏，更是如鱼得水。
进入藏境后，朱厚照接见达赖喇嘛遣来迎接的高级官员，逐一询问廓尔喀两次滋事的缘由，令其将先后情节据实答复。
1792年，正德十一年。
正月，朱厚照抵达拉萨，于布达拉宫会见达赖、班禅等。
随即，对西藏事务进行了整饬，严惩确朱嘉措的叛国行为，废除了噶玛噶举红帽系活佛转世，查抄了该系的寺庙和财产，并强令其所属百余名红帽喇嘛改奉黄教。
从此，噶玛噶举红帽系在西藏销声匿迹，不复存在。
此次会见，朱厚照正式提出，等将来事定，必须定立《章程》，逐条办事，使边圉永宁。对于达赖喇嘛、班禅的回答，也相当满意。
朱厚照在拉萨停留二十七天后，去后藏。
在这期间，凭借他的地位威望，及大军将到的声势，向西藏上层宣谕援藏用兵的意义。
二月，朱厚照檄令不丹、锡金等，发兵合攻廓尔喀，并致函英国东印度公司首脑，令其勿听信廓尔喀求援之谰言。
三月，朱厚照檄谕廓尔喀王子，先礼后兵，但廓尔喀执意开战。
五月，明军击败廓尔喀军，收复西藏全境。
同月，明军由济咙启程，沿吉隆河东岸南下，越过藏廓边界，进入廓尔喀境内。
八月，廓尔喀在明军的凌厉攻势下请求投降。
朱厚照接受尼泊尔廓尔喀王朝的投降后，在撤退时，还勘定了西藏、廓尔喀的边界。
同时，原本被廓尔喀所灭的锡金也得以复国。
为使西藏长治久安，对外不受外人侵扰，对内治理有法可依，朱厚照带人与达赖、班禅的僧俗要员商议，制订出《钦定二十九条章程》。
该章程使明廷治理西藏的制度更加完善，得到西藏上层由衷地拥护。
在这个章程的第一条，就明确规定了金瓶掣签制度的流程，作为认定活佛转世的制度。
设立两个金瓶，一个放在承德离宫，专供漠南、漠北等地大活佛转世灵童掣签用，另一个置放在拉萨大昭寺，专门供西藏、青海等地大活佛转世灵童掣签用。
在此之前，在活佛转世中出现的，各种教派纷争、假借神谕、大活佛几乎都出自一家等乱象，被金瓶掣签制度彻底杜绝了。
同年（1792），阿洪王国国内的教派冲突越来越严重，时任国王高利纳特·辛格万般无奈之下，求助于明朝。
朱厚照顺势，率兵由藏南进入阿洪王国，并从缅甸卫所调兵，帮助其国王高利纳特·辛格平定叛乱，使阿洪王国国内混乱的局面得以平息。
对于阿洪王国南边的英国东印度公司，朱厚照还是有所了解的。
自从王越带回发生在孟加拉的惨事，再加上海外华人华商不断带回来的关于英国殖民地的消息，朱厚照对英国东印度公司也没什么好印象。
为了防止英印蚕食大明的藩属国领土，朱厚照还派人前往英印首都加尔各答，警告其不许侵犯大明对阿拉干、阿洪、不丹、锡金、尼泊尔国的宗主权，并想要与英印当局划定与这五国的边境。
英印慑于明军在贡榜、廓尔喀两战中展现出来的实力，也很乐意与这五国划定边境，作为与大明之间的缓冲。
同时，消息传回英国后，英国也派出了马戛尔尼使团访华。
